در 13 آبان سال 1378، برخي انجمن هاي اسلامي دانشجويان عضو دفتر تحكيم وحدت، همچون انجمن هاي اسلامي دانشجويان علوم پزشكي و شهيد چمران اهواز، علوم پزشكي و بوعلي سينا همدان، كه از حق رأي اضافه در دفتر تحكيم وحدت برخوردار بودند به همراه برخي از انجمن هاي اسلامي دانشجوياني كه از ابتداي تأسيس عضو دفتر تحكيم وحدت نبودند، همچون انجمن هاي اسلامي دانشجويان دانشگاه علوم پزشكي بابل، دانشگاه علوم پزشكي ايلام، دانشكده علوم پزشكي سبزوار كه در مجموع روي هم 18 انجمن اسلامي دانشجويان را تشكيل مي دادند، به علت اختلافات فكري با دفتر تحكيم وحدت، وابستگي اين تشكل به جريان هاي سياسي- فكري و تناقض در آرمان‌ها، از اين جريان جدا شدند و در قالب «اتحاديه انجمن هاي اسلامي دانشجويان مستقل دانشگاه هاي سراسر كشور» اعلام موجوديت كردند.

اين سومين انشعابي بود كه در دفتر تحكيم وحدت به وقوع مي پيوست با اين تفاوت كه اين بار ديگر اين دانشجويان مسلمان نبودند كه به صورت فردي از تشكيلات انجمن هاي اسلامي دانشجويان جدا مي شدند؛ بلكه انجمن هاي اسلامي بصورت تشكيلاتي از دفتر تحكيم وحدت اعلام استقلال مي كردند و اولين انشقاق تشكيلاتي را در تاريخ دفتر تحكيم وحدت ثبت کردند.

اين انجمن ها معتقدند كه انتقاد به جريان ها و مسئولان يكي از ضرورت ها و وظايف جنبش دانشجويي است، اما اين به معناي نفي حاكميت نظام ديني نيست؛ بلكه در جهت رسيدن به چنين نظامي قابل تعريف است.

انجمن‌هاي اسلامي دانشجويان تشكيل دهنده اين اتحاديه، بسيار سريع توانستند براساس حركت در جهت آرمان‌ها و اصالت هاي جنبش دانشجويي مسلمان و بهره مندي از منطق معقول گفتمان انتقادي در ديگر دانشگاه‌ها براي خود جا باز كنند و در پنجمين نشست سالانه، مقام معظم رهبري پيامي به يادماندني را خطاب به نشست اين تشكل دانشجويي صادر فرمودند، كه نشان از حفظ پويايي و در عين حال حركت در مسير صحيح اين تشكل دانشجويي داشت.

ايشان در اين پيام فرمودند: "جناب آقاي قمي، به اين جوانان عزيز سلام مرا ابلاغ فرمائيد. از خداوند متعال سپاسگزارم كه اين شور و همت مؤمنانه را براي زنده نگهداشتن شعارهاي اساسي اين دوره از حيات نظام اسلامي، به جوانان نخبه ما ارزاني داشته است. چه فاصله ژرفي است ميان اين دل هاي روشن و نيت هاي پاك، كه اصلاح و اكمال نظام اسلامي را هدف خود ساخته اند با غفلت زدگان روشنفكرنمايي كه در خدمت به نظام سلطه خشن و مسلح استكباري، مردم و نظام مردمي خويش را آماج تهمت و نيرنگ و جفاي خود قرار مي دهند."

اتحاديه انجمن هاي اسلامي دانشجويان مستقل، تا پايان دولت اصلاحات تعداد دفاتر دانشگاهي خود را به حدود 30 انجمن اسلامي دانشجويان و انجمن اسلامي دانشجويان مستقل (اين اتحاديه در دانشگاه هايي كه جريان دفتر تحكيم وحدت صاحب دفتر بوده است با اضافه كردن پسوند «مستقل» مجوز فعاليت مي گرفتند.) افزايش داد، تا بتواند زمينه هاي تشكيل بزرگترين اتحاديه انجمن هاي اسلامي را پس از دوران از هم پاشيدگي دفتر تحكيم وحدت ايجاد کند و توانست در اسفندماه سال 1383، به عنوان اولين تشكل دانشجويي مانيفست فكري خود را مهندسي و در قالب «سندگفتمان جنبش دانشجويي مسلمان» منتشر کند./ر