این مستند با حضور در شهر‌ها و مکان‌های ثبت شده، رد پای تاریخ را دنبال می‌کند و در این راه از روایت شخصیت‌های عصر پهلوی دوم مثل خاطرات ارتشبد حسین فردوست و دست اندر کاران نظام سابق، همین طور روایت نیرو‌های چپ در شناسایی خط وابستگی به آمریکا و بسط و گسترش این خط در قبل از انقلاب استفاده شده است.

در «سایه‌های پنهان» بخش‌هایی از تاریخ معاصر مثل تبعید رضا شاه، اشغال آبادان و انتقال گسترده سلاح‌های سنگین و هواپیما‌های آمریکایی به آبادان و ارسال آنها به روسیه، کنفرانس تهران و پایان جنگ دوم جهانی، بازدید روزولت از نظامیان مستقر در تهران و سفر شاه به آمریکا در زمان ترومن مرور کوتاهی دارد و موج اول خرید‌های نظامی از آمریکا، گسترش و بسط سیستم مستشاری در عرصه‌های کشاورزی، اصلاحات ارضی، کاپیتالاسیون و آغاز نهضت ضدآمریکایی آیت الله خمینی، شوک نفتی ۱۹۷۳ موج دوم خرید‌های تسلیحات پیشرفته‌تر آمریکایی توسط شاه و .. بررسی می‌شوند.

مجموعه مستند «سایه‌های پنهان» یکشنبه تا چهارشنبه ساعت ۱۸:۰۰ از شبکه مستند سیما پخش می‌شود و تکرار آن روز بعد ساعت ۵:۰۰ روی آنتن می‌رود.