مدرسه علمیه امام‌المهدی(عج) زرگان با آموزش روخوانی قرآن كريم به همراه تفسیر و بیان شبهات دینی سعی در ارتقای سطح علمی و قرآنی جوانان و سپس استعدادیابی جهت جذب به مدرسه علمیه دارد.
با توجه به دغدغه‌ای که تولیت مدرسه در خصوص تربیت طلاب عالم و فاضل دارد، معمولاً تعطیلی در این مدرسه وجود ندارد، به همین دلیل هر طلبه در طول سال، قریب به ۱۱ ماه در کلاس درس حاضر می‌شود.
باید گفت که بسیاری از بزرگان قدیم و فعلی حوزه علمیه قم، از شاگردان آیت‌الله سیدمحمد حجت کوه‌کمره‌ای هستند که از آن جمله می‌توان به حضرات آیات علامه طباطبایی، شیخ مرتضی حائری یزدی، میرزا هاشم آملی، لطف‌الله صافی گلپایگانی و جعفر سبحانی اشاره کرد.
مدير حوزه علميه خراسان رضوي گفت: طلاب سه وظيفه اصلي هدايت ديني، هدايت سياسي، خدمت اجتماعي و جهادي مردم را برعهده دارند که بايد به نحو مطلوب انجام دهند.
مدیر حوزه علمیه خراسان گفت: زنان به عنوان تاثیر گذارترین افراد در جامعه اسلامی، باید امروزه بيشترين نقش را در دفاع از تهاجمات و شبهات فرهنگی ایفا کنند.