بنیاد علم و فناوری مصطفی با چشم‌انداز گسترش صلح، امنیت و رفاه بشریت، فعالیت خود را در سال ۱۳۹۱ آغاز کرد و مأموریت خود را توسعه علم و فناوری در جهان اسلام قرار داده است و برای تحقق آن، شناسایی و تجلیل از دانشمندان برجسته، زمینه‌سازی برای توسعه تعاملات پژوهشگران و افزایش همکاری و هم‌افزایی کشورهای اسلامی در حوزه‌های علم و فناوری را با تأکید بر فناوری‌های پیشرفته در دستور کار قرار داده است.
این جایزه به اثری نوآورانه در مرزهای دانش تعلق می‌گیرد که توسط افرادی شاخص در حوزه‌های علم و فناوری ارائه شده و زمینه‌ساز بهبود زندگی بشریت باشد. برگزیدگان جایزه علاوه بر لوح و مدال جهانی مصطفی، با دریافت مبلغ ۵۰۰ هزار دلار که از محل خیرین و موقوفات علم و فناوری تأمین شده، طی مراسمی باشکوه با حضور دانشمندان و فرهیختگانی از کشورهای مختلف جهان، مورد تقدیر قرار می‌گیرند.

با فراخوان پنجمین دوره این جایزه اعلام شد مهلت معرفی آثار پنجمین دوره جایزه مصطفی(ص) تا ۹ شهریور سال ۱۴۰۱ است و زمان برگزاری آیین اعطای جایزه مصطفی(ص) در مهر ۱۴۰۲ خواهد بود.

این جایزه در چهار حوزه علم و فناوری اطلاعات و ارتباطات، علم و فناوری زیستی و پزشکی، علم و فناوری نانو، علوم پایه و مهندسی، به دانشمندان مسلمان سراسر دنیا اعطا می‌شود.