وی به دلیل مخالفت با خاندان پهلوی سالهای زیادی را در زندان طاغوت گذراند و شکنجه های فراوانی را تحمل کرد اما دست از مبارزه نکشید و راهش را ادامه داد. 
 
دکتر مفتح را در کنار حوزه ارتباطش با دانشگاه نیز بسیار نزدیک بود و توانست این دو قشر را نیز به هم نزدیکتر کند. طوری که حضرت امام روز شهادت وی را به نام وحدت حوزه و دانشگاه اعلام کردند. 
 
سرانجام این عالم دین و مجاهد خستگی ناپذیر در 27 آذر 1358 توسط گروهک فرقان که منافقین کور دل بودند در هنگام ورود به دانشگاه تهران ترور شد و به شهادت رسید. 
 
در این ترور چهار نفر از اعضای فرقان دست داشتند، یکی راننده بود، دو نفر مأمور محافظ های شهید مفتح بودند و کمال یاسینی شخصاً ترورآیت‌الله مفتح را به عهده گرفته بود. کمال یاسینی جوان نوزده بیست ساله‌ای بیش نبود. 
 
کمال یاسینی در واقع مسئول و برنامه ریز ترورهای گروه فرقان بود. در دادگاه گفتند که یک بار در مدرسه عالی پارس برنامه ترور شهید مفتح را ریخته بودند که پاسداران محافظ شهید مفتح متوجه می‌شوند که خاکریز نزدیک آنجا وضعیت طبیعی ندارد و از این که ماشین را در آنجا پارک کنند، پشیمان می‌شوند و جای دیگری می‌روند و در دادگاه معلوم شد که آن خاکریز را فرقانی‌ها ساخته بودند و می‌خواستند همان روز، او را شهید کنند که با تیزهوشی راننده نقشه‌شان عقیم ماند. یاسینی در دادگاه می‌گفت که «چندین بار سعی کرده بودند شهید مفتح را ترور کنند که موفق نشدند و این بار شخصاً این کار را به عهده گرفتم و دانشکده الهیات و ساعت ورود ایشان و همه جوانب را بررسی و شناسایی و بعد هم در آن روز نقشه‌مان را اجرا کردیم.» 

 
  
 
پیام امام خمینی(قد سره) به مناسبت شهادت دکتر مفتح 
 
بسم الله الرحمن الرحیم 
 
انا لله و انا الیه راجعون 
 
آن گاه که منطق قرآن آن است که ما از خداییم و به سوی او می رویم و مسیر اسلام بر شهادت در راه هدف است و اولیا خدا علیهم السلام شهادت را یکی از دیگری به ارث می بردند و جوانان متعهد ما برای نیل به شهادت در راه خدا درخواست دعا می کرده و می کنند بدخواهان ما که از همه جا وامانده اند دست به ترور وحشیانه می زنند. ما را از چه می ترسانند؟ امریکا خود را دلخوش می کند که با ایجاد رعب در دل ملت که سربازان قرآنند می توانند وقفه ای در مسیر حق و عقب کردی از جهاد مقدس در راه خدا ایجاد کند! 
 
غافل از این که ترس از مرگ برای کسانی که دنیا را مقر خود قرار داده و از قرارگاه ابدی و جوار رحمت ایزدی بی خبرند اینان از کوردلی صحنه های شورانگیز ملت عزیز و شجاع ما را در هر شهادتی پس از شهادتی که در پیش چشمان خیره آنان منعکس است نمی بینند «صم بکم عمی فهم لایعقلون» اینان می بینند که هزار و سیصد سال بیشتر از صحنه حماسه آفرین کربلا می گذرد و هنوز خون شهیدان ما در جوش و ملت عزیز ما در حماسه و خروش است. 
 
جناب حجت الاسلام دانشمند محترم آقای مفتح و دو نفر پاسداران عزیز اسلام رحمت الله علیهم به فیض شهادت رسیدند و به بارگاه ابدیت باریافتند و در دل ملت و جوانان آگاه ما حماسه آفریدند و آتش نهضت اسلامی را افروخته تر و جنبش قیام ملت را متحرک تر کردند ، خدایشان در جوار رحمت واسعه خود بپذیرد و از نور عظمت خود بهره دهد. امید بود از دانش استاد محترم و از زبان و قلم او بهره ها برای اسلام و پیشرفت نهضت برداشته شود و امید است از شهادت امثال ایشان بهره ها برداریم من شهادت را بر این مردان برومند اسلام تبریک و به بازماندگان آنان و ملت اسلام تسلیت می دهم، سلام بر شهیدان حق. 
 
روح الله الموسوی الخمینی 
 
27/9/58 
 
بیست و هشت محرم الحرام یک هزار و چهارصد