از آن جایی که در آن دوران، اوجالان در سوریه با دو خودرو مارک مرسدس بنز تردد می کرد، نام «عملیات مرسدس» برای این سوءقصد انتخاب شد. در این عملیات، دو خودرو وَن مزدا از ترکیه به سوی سوریه حرکت کردند و محمود یلدرم(مشهور به یشیل) از چهره های مشهور میت و ژاندارمری که قبلا اجرای صدها فقره قتل زنجیره ای فعالان سیاسی، اقتصادی و فرهنگی کُرد را بر عهده گرفته بود، همراه با یک شهردار، یک قاچاقچی بزرگ مواد مخدر و یک مامور امنیتی به سوی سوریه حرکت کردند. یکی از خودروها از دروازه رسمی مرز زمینی و به صورت قانونی و خودرو دیگر نیز به صورت قاچاق از نسیبین وارد سوریه شدند.

خودرو رسمی در یک منطقه مرزی پنهان شد و خودرو قاچاقی که حاوی یک تُن ماده منفجره«سی4 » بود، به سوی دمشق به حرکت درآمد تا در حوالی دمشق و در برابر ساختمان بزرگی منفجر شود که اوجالان از آن به عنوان آکادمی پ.ک.ک استفاده می کرد و معمولا بیش از پانصد تن از کادرهای پ.ک.ک در آن حضور داشتند. اکیپ 4 نفره ترکیه ای در نزدیکی دمشق، خودرو را در اختیار یکی از ماموران امنیتی سوریه گذاشت که به عنوان جاسوس به ترکیه خدمت می کرد. مکانیسم کنترل از راه دور و سایر توصیه ها برای انفجار به جاسوس سوری گوشزد شد و اکیپ ترکیه ای چند ساعت پیش از رویداد، با خودرویی که در مرز پنهان کرده بودند، از دروزاه رسمی به کشور خود بازگشتند.

مامور امنیتی سوریه به ساختمان موسوم به آکادمی نزدیک شد. وی با استفاده از گوشی تلفن ماهواره ای با سران این عملیات در آنکارا در ارتباط بود و خط خود را باز نگه داشته بود. در همان لحظات اوجالان نیز با یک تلفن ماهواره ای با مسئولین پ.ک.ک در اروپا در حال مکالمه بود غافل از آن که آنکارا در حال شنود لحظه به لحظه تلفن است. برای انجام نهایی عملیات، این پیام از آنکارا به مامور پشت فرمان مزدا مخابره شد: «معامله مرسدس مناسب است.»

مامور مزبور سریعاً خودور بمب گذاری شده را پارک کرد و بعد از آن که به مقدار کافی از خوردو فاصله گرفت، شاسی انفجار را فشار داد. با توجه به آن که ماده منفجره سی4 چندین برابر TNT قدرت تخریبی دارد، در آن لحظه بخشی از دمشق لرزید و شدت انفجار به حدی بود که حتی درختان کهنسال را از ریشه درآورد.

صدای مکالمه اوجالان در تلفن قطع شد و سران سرویس ترکیه و ژنرال های همراه آنان در آنکارا از شدت شوق و شادی همدیگر را در آغوش کشیده و برخی از آنان از شوق گریستند. اما در کمال ناباوری، سی ثانیه بعد، صدای اوجالان از همان تلفن دوباره شنیده شد که در تماس با معاونین خود می گفت: علیه ما توطئه کردند ولی من زنده ام و دیگران نیز آسیب چندانی ندیده اند. کارشناسان سرویس امنیتی ترکیه پس از چند لحظه دریافتند که راننده خودرو بمب گذاری شده، با توجه به شلوغ بودن میدان مقابل ساختمان موسوم به آکادمی پ.ک.ک، خودرو را صد متر دورتر از دیوار اصلی پارک کرده و موج انفجار به جای آن که ساختمان مورد هدف را در نوردد، منطقه پشت خودرو را تخریب نموده است.