ضریح مطهر :

اولین ضریح در عهد صفویه بر روی قبر مطهر نصب شد. و تا آن زمان تنها صندوقی بر روی قبر قرار داشت و ضریح كنونی چهارمین ضریح از جنس طلا و نقره میباشد. و در سال 1338 شمسی بر روی مرقد مطهر نصب شده است.

گنبدطلا :

بر فراز بنای اصلی حرم مطهر و در مركز مجموعه اماكن مقدسه قرار گرفته، ساختار آن دو پوشه و به قولی تاریخ اولین طلاكاری بر روی آن در عهد صفویه صورت گرفته و در اثر حوادث مختلف چندین بار بازسازی شده است.

مناره ها :

قدیم :
قدیمی ترین مناره طلاكاری شده موجود در اماكن متبركه، مناره بالای ایوان طلای صحن انقلاب (عتیق) است كه در شمال غربی گنبد مطهر واقع شده و از بناهای عهد صفوی است و به قرینه آن مناره دیگری بر فراز ایوان عباسی (ایوان شمالی) در عهد افشاریه احداث شده است. این دو مناره در اثر حوادث تاریخی بارها آسیب دیده و چندین بار مرمت شده است.

جدید:

دو مناره طلاكاری شده صحن جمهوری جدید الاحداث و مربوط به دوران بعد از پیروزی انقلاب اسلامی است. علاوه بر مناره های یاد شده دو گلدسته بزرگ كاشی كاری شده در دو طرف بخش شمالی گنبد ایوان مقصوره در مسجد گوهرشاد، و دو گلدسته كوچك كاشی كاری شده بر فراز بناهای بخش جنوبی صحن جمهوری احداث شده است.

نقاره خانه :

بنای آن در دو طبقه با نمای بیرونی كاشیكاری شده بر فراز ایوان شرقی صحن انقلاب قرار گرفته كه بنای قبلی آن در یك طبقه و از حلب و چوب احداث شده بود. مطابق رسم معمول از زمان صفویه روزی 2 نوبت، قبل از طلوع و غروب خورشید. در همه ایام بجز ایام سوگواری، نقاره خوانی انجام میشد و نقاره چیان در یك گروه 12 نفری به كار خود ادامه میدادند و در حال حاضر یك گروه 7 نفری در همه ایام قبل از طلوع و غروب خورشید و در ماه مبارك رمضان قبل از اذان صبح و در اعیاد مذهبی و اعلام شفا، مراسم نقاره زنی انجام میشود.

سقاخانه :

این مكان در وسط صحن انقلاب واقع شده و یكی از مهمترین آثار تاریخی اماكن متبركه به شمار میآید. و چون بنای اولیه آن توسط شخصی به نام اسماعیل طلایی احداث شده به این نام نیز مشهور است و در سال 1345 شمسی پس از چند بار مرمت، تخریب و به شكل كنونی بازسازی و طلاكاری شده است.

ساعتها :

دو ساعت شماطه ای بر بدنه دو شبه مناره بر فراز ایوان غربی صحن انقلاب و ایوان جنوبی صحن آزادی نصب شده است كه قدمت اولین ساعت به عهد صفویه یا مظفرالدین شاه بر میگردد. كه همان ساعت موجود در صحن آزادی است.

رواقها :

در مجموع 22 رواق قدیمی و جدید در آماكن متبركه وجود دارد كه عبارتند از:

رواق شیخ بهایی :

در جنوب شرقی حرم مطهر واقع شده و به دلیل وجود مقبره شیخ بهایی در آن به این نام شهرت یافته است.

رواق دار الحفاظ :

در جنوب حرم مطهر و بین روضه منوره و مسجد گوهرشاد واقع شده است.

رواق گنبد حاتم خانی :

در شرق حرم مطهر و در غرب دارالسعادة و پایین پای مبارك واقع شده است.

رواق دارالسیادة :

در غرب حرم مطهر واقع شده و در ضلع شرقی آن بین دارالسیادة و مسجد بالاسر پنجره ای مشبك از نقره وجود دارد و از آنجا ضریح مقدس نمایان است.

رواق دار الفیض:

در جنوب روضه منوره و پشت سر مبارك قرار دارد، از شرق به رواق گنبد الله وردیخان و از غرب به دار الشكر محدود است.

رواق دار السعادة:
در شرق حرم مطهر واقع شده و از سمت غرب بر پایین پای مبارك با رواق حاتم خانی و از شرق به ایوان طلای صحن نو و از شمال به رواق دارالضیافة و از جنوب به رواق دار السرور محدود است.

رواق دارالشكر :
در شمال مسجد بالاسر و در مجاورت دارالفیض واقع شده و از شمال به ایوان طلای صحن انقلاب و از غرب به دارالشرف و از شرق به دار الفیض محدود میشود.

رواق توحید خانه :

در شمال حرم مطهر و بین دارالفیض و صحن انقلاب قرار گرفته و از شرق به رواق الله وردیخان و از غرب به ایوان صحن انقلاب راه دارد

رواق دارالسلام‌ :

در جنوب حرم مطهر و در شرق و موازات دراالحفاظ قرار دارد و در ضلع شرقی با دارالسرور و از طرف غرب با رواق گنبد حاتم خانی مرتبط است.

رواق دارالعزة :

در جنوب شرقی حرم مطهر، بین رواق دارالسلام و دارالذكر واقع شده و از شمال به دارالسرور مرتبط است.

رواق دارالسرور:

در جنوب دارالسعادة و شمال دارالذكر واقع است و از جنوب به دار العزة و دارالذكر و از شرق به طرف صحن آزادی و از غرب به دار السلام راه دارد.

رواق دار الذكر :

در جنوب شرقی حرم مطهر و در غرب صحن آزادی واقع است و از شرق به حجره های صحن نو و از جنوب به دارالزهد راه دارد و در ضلع غربی با دارالعزة و در ضلع شمالی با دار السرور مرتبط است

رواق دارالزهد :

در جنوب شرقی حرم مطهر و در شمال صحن امام و متصل به آن است و از مشرق با رواق شیخ بهایی و از شمال با دارالذكر و از ضلع جنوبی با صحن امام خمینی و از ضلع غربی با راهرو تالار تشریفات مرتبط است.

رواق دارالعبادة:

آخرین رواق در جنوب شرقی حرم مطهر است و در شرق رواق شیخ بهایی قرار دارد و از طرف جنوب و شرق با صحن امام و از ضلع شمالی با صحن آزادی مرتبط است.

رواق گنبد الله وردیخان:

در شمال شرقی حرم مطهر و رواق گنبد حاتم خانی، و در شرق رواق توحیدخانه واقع است و از شمال به صحن انقلاب و از شرق به دارالضیافة و از جنوب به دارالسعادة راه دارد.

رواق دارالضیافة :

در حد فاصل صحن انقلاب و آزادی و رواق گنبد الله وردیخان است و از جنوب به دارالسعادة اتصال دارد

رواق دارالشرف:

در شمال غربی حرم مطهر و شمال دارالسیادة واقع است و با ایوان طلای صحن انقلاب و رواق جدید دارالولایة و دارالشكر مرتبط است

رواق دارالولایة:

در غرب روضه منوره واقع شده و از شمال به صحن انقلاب و قسمتی از بست شیخ طوسی و از شرق به رواقهای دارالشرف و دارالاخلاص و دارالسیادة و از جنوب به مدرسه دو در و پریزاد و از غرب به صحن جمهوری اسلامی محدود است و بزرگترین رواق حرم مطهر و جدید الاحداث میباشد.

رواق دارالاخلاص :

در غرب حرم مطهر و مقابل بالاسر و در حد فاصل سه رواق دارالسیادة و دارالشرف و دارالولایة واقع شده است.

رواق دارالهدایة:

در جنوب غربی حرم مطهر و در شمال رواق دارالرحمة و بین مدرسه در و صحن جمهوری واقع شده است.

رواق دار الرحمة:

در جنوب دارالهدایة است و از شرق با بست شیخ بهایی و از غرب با صحن جمهوری مرتبط است.