این مرکز به عنوان تنها مرکز تحقیقاتی نجوم و اختر فیزیک کشور فعالیت علمی خود را از سال ۸۱ زیر نظر وزارت علوم، تحقیقات و فناوری آغاز کرد.

بیشتر از ۳ سال است این مرکز علمی پژوهشی استقلال خود را از دست داده و در دولت قبل به دانشگاه مراغه الحاق شده و از آن روز عملکرد و فعالیت‌های آن هر روز رو به افول است.
در زمان رونق آن در سال صد‌ها طرح پژوهشی، تحقیقاتی و مقاله ISI به همت استادان این مرکز تولید و در مجلات بین المللی به چاپ می‌رسید که حالا این تعداد به کمترین میزان رسیده است.

آقای هومان مراد پورعضو هیئت علمی مرکز تحقیقات نجوم و اختر فیزیک مراغه گفت: این مرکز به عنوان نخستین و تنها مرکز پژوهشی صرفا تخصصی در حیطه نجوم و اخترفیزیک در ایران به پشتوانه رصدخانه مراغه تأسیس شده است.

 او با بیان اینکه حتی ipm پژوهشکده نجوم تهران تهران بعد از مرکز نجوم و اخترفیزیک مراغه تأسیس شده است اضافه کرد: این مرکز قبل از ادغام از نظر تحقیقاتی و رتبه پژوهشی هم ردیف دانشگاه‌های تهران، شیراز و تبریز بوده است.

به گفته این دانشمند مرکز تحقیقات نجوم و اختر فیزیک مراغه، این مرکز با استقلال از دانشگاه مراغه می‌تواند به جایگاه قبلی خود بازگردد و به دستاورد‌های قبلی خود برسد.

اوافزود: قبل از ادغام همه ساله با مدیریت مرکز تحقیقات نجوم و اختر فیزیک مراغه چندین همایش ملی برگزار می‌شد و ده‌ها استاد و محقق در این همایش‌ها شرکت می‌کردند و از زمانی که این مرکز استقلال خود را از دست داده دیگر از آن فعالیت‌ها علمی خبری نیست.

آقای مظفری دیگر عضو هیات علمی مرکز تحقیقات نجوم و اختر فیزیک مراغه گفت: رصد خانه تاریخی مراغه هویت علمی و تاریخی ایران و مرکز تحقیقات نجوم و اختر فیزیک با هدف احیای تاریخ گذشته علم نجوم در این شهر تاسیس شده است.

 او افزود: فعالیت‌های تحقیقاتی و پژوهشی این مرکز در زمان رونق آن همزمان با فعالیت‌های پژوهشی دنیا و با مشارکت دانشمندان علم نجوم و فیزیک دنیا پیش می‌رفت.

او اضافه کرد: فعالیت‌های این مرکز تحقیقاتی با فعالیت‌های علمی و پژوهشی دانشگاه مراغه همخوانی ندارد.

آقای صادق نژاد رئیس مرکز تحقیقات نجوم و اختر فیزیک نیز در این باره گفت: آمار‌ها از کاهش فعالیت‌های تحقیقاتی و پژوهشی این مرکز در سه سال گذشته حکایت می‌کند.

او افزود: تعداد مقالات isi این مرکز از ۱۱۴ مورد در سال ۹۷ به ۳ مورد در سال گذشته رسیده و تعداد طرح‌های پژوهشی این مرکز هم از ۱۹۷ طرح در سال ۹۶ به صفر رسیده است.

به گفته رئیس مرکز تحقیقات نجوم و اختر فیزیک، تعداد همکاران پژوهشی این مرکز از ۲۰ تا ۳۰ نفر به صفر رسیده است.

آقای علی علیزاده نماینده مردم مراغه و عجب شیر در مجلس شورای اسلامی گفت: استقلال دوباره تنها مرکز تحقیقات نجوم و اختر فیزیک کشور در مراغه برای احیای دوباره نجوم یک ضرورت است.

او افزود: نام رصد خانه مراغه با علم نجوم ایران عجین شده و توسعه علم نجوم، اختر فیزیک و رصد خانه تاریخی مراغه تنها با استقلال دوباره این مرکز علمی و تحقیقاتی محقق خواهد شد.

او اضافه کرد: طرح استقلال دوباره این مرکز علمی از دانشگاه مراغه به عنوان سوال از وزیر در مجلس از طریق کمسیون آموزش به ثبت رسیده است.

نماینده مردم مراغه و عجب شیر در مجلس شورای اسلامی گفت: سه سال پیش ادغام مرکز تحقیقات نجوم و اختر فیزیک با دانشگاه مراغه فعالیت‌های آن را تحت تاثیر قرار داده است.

تلسکوپ ارزشمندی که در یکی از ساختمان‌های این مرکز در شهرک، ولی عصر نصب شده در حال خاک خوردن است.