ابررایانهها با رمها و کاراییهای بسیاری که دارند معمولاً برای عملیات حساس روی محاسبه از جمله مسائل فیزیک کوانتوم ، هواشناسی، تحقیقات آب و هوا (از جمله تحقیق در مورد گرم شدن کرهٔ زمین) مدلسازی مولکولی (مطالعهٔ ساختارها و محتویات ترکیبات شیمیایی، ماکرومولکولهای بیولوژیکی، پلیمرها و بلورها) شبیهسازیهای فیزیکی (مثل شبیهسازی هواپیماها در تونلهای هوا، شبیهسازی انفجار سلاحهای هستهای و تحقیق در مورد پیوست هستهای) تحلیل مخفی و … استفاده میشوند.