دانش‌آموزان افغانستانی برای پرداخت شهریه مشکل دارند و به همین دلیل عمدتاً با مدیران مدارس دچار مشکل می‌شوند اما هیچ مدیری اجازه ندارد بابت عدم پرداخت شهریه رفتار ناپسند با دانش‌آموز داشته باشد و موضوع فوق نیز در دست بررسی است.
رئیس مرکز امور بین الملل و مدارس خارج از کشور با اشاره به تحصیل بیش از 330 هزار دانش‌آموز افغانی در مدارس کشور ایران، گفت: هیچ گزارشی مبنی بر عدم ثبت‌نام دانش‌آموزان افغانی به این مرکز نرسیده است.