ابابیل-3 از یک موتور ملخی پیستونی با ملخ دو پرّه فشاردهنده که همانند سایر پهپادهایی با همین پیکربندی در انتهای بدنه و بین بوم‌های نگه‌دارنده دم نصب شده است بهره می‌برد. این محل نصب موتور سبب ایجاد فضای مناسب برای نصب تجهیزات در دماغه و کاهش تأثیر ارتعاشات ناشی از موتور بر روی عملکرد سامانه‌های شناسایی می‌شود.