گاوخونی را شاید بتوان تالاب بی‌نصیب و رنجور ایران نامید، چرا که علاوه بر رویارویی با سوءمدیریت‌های دنباله‌دار، از سخاوت آسمان در ریزش بارش‌های سیل‌آسای اخیر هم محروم ماند و تمام سهم آن از خروش سیلاب‌های بیامان، به ورود ناچیز آب خلاصه شد، اینجاست که در میان همه غفلت‌ها و بی‌مهری‌ها، باز هم باید باران را تنها چتر نجات گاوخونی دانست چرا که پس از ۱۵ سال تنها با رسیدن بخش اندکی از آب زاینده رود، گاوخونی قدری زنده شد که البته همین میزان نیز در حال فرو نشستن است.
کاهش تبعات تغییرات آب و هوایی، تصفیه پساب‌های جاری شده در زاینده رود، پرکردن سفره‌های آب زیرزمینی، جلوگیری از سیلاب، گردشگری و مباحث فرهنگی، تثبیت شن‌های روان و گنجینه متنوع زیستی و ژنتیکی از جمله ارزش‌ها و کارکرد‌های تالاب گاوخونی است.
تالاب بین‌المللی گاوخونی در سال‌های اخیر بدلیل کاهش بارش‌ها در حوضه زاینده رود و برداشت بی‌رویه در این حوضه آبی، به منطقه‌ای خشک بدل شده است، این تالاب نقش عمده‌ای در اکوسیستم منطقه بویژه پراکنش ریزگرد‌ها تا کویر مرکزی ایران دارد. برخی از کارشناسان معتقدند اگر این تالاب منشاء گرد و غبار شود، انتشار سمی آلوده به فلزات سنگین شهر اصفهان و استان‌های اطراف را تهدید می‌کند.
تالاب گاوخونی منطقه‌ای به وسعت ۴۷۶ کیلومتر مربع در ۱۶۷ کیلومتری جنوب شرق اصفهان در کنار شهر ورزنه و در مجاورت تپه‌های شنی واقع و ارتفاع آن از سطح دریا یک‌هزار و ۴۷۰ متر و بیشینه عمق آن ۱۵۰ سانتی متر میباشد که در تاریخ ۲۳ ژوئن ۱۹۷۵ به عنوان یکی از تالاب‌های مهم بین المللی در فهرست کنوانسیون رامسر معرفی و ثبت شده است.
مشاور رئیس سازمان حفاظت محیط زیست گفت: با توجه به خشک شدن گاوخونی ، پرندگان مهاجر این تالاب را از نقشه مهاجرتی مغز خود جدا و در واقع گاوخونی برای آن‌ها حکم یک قهوه‌خانه سرراهی را پیدا می کند.
متاسفانه طبق آماري كه در رسانه‌هاي محلي منتشر شده است، در دو سال اخير بيش از 70 نفر در شهرستان ورزنه (نزديك‌ترين شهر به گاوخوني) دچار انواع سرطان‌ها شده‌اند.
رئیس کمیسیون کشاورزی وصنایع تبدیلی اتاق بازرگانی اصفهان گفت: حقابه گاوخونی در جاری‌سازی موقت آب رودخانه زاینده‌رود مغفول مانده زیرا آب جاری شده، مقدار کمی بوده و برای باغات و کشاورزی است.
شهردار اصفهان گفت: اهمیت رودخانه زاینده‌رود اگر بالاتر از دریاچه ارومیه نباشد، کمتر نیست و اگر گاوخونی خشک‌تر از این شود، ریزگردهای آن به سمت تهران سراریز می‌شود و در آن زمان دیگر کاری نمی‌توان نجام داد.