خطرناک بودن یا نبودن مایکروفر بحثی کاملا تخصصی است که آزمایشهای زیادی هم در این باره انجام شده است.
به طور کلی از آنجایی که مواد غذایی مدت زمان کمی در مایکروفر پخته میشوند، بنابراین هیچ خطری برای سلامتی نداشته و همچنین باعث از بین رفتن خواص مواد مغذی در غذا نمیشود. چرا که مدت زمان بسیار کمتر است.