جایزه مصطفی به دانشمندان جهان اسلام اعطا می‌شود و در وهله نخست به شناسایی، معرفی و تمجید از چهره‌های برتر علم و فناوری می ­پردازد و در گام بعدی، اقدام به شبکه­ سازی میان اندیشمندان جهان اسلام می‌پردازد. جایزه مصطفی، هر دو سال یکبار برگزار می‌شود و برگزیدگان هرکدام از محور‌های این جایزه علمی، ۵۰۰ هزار دلار آمریکا از آن خود می‌کنند که از محل وقف علم و فناوری تامین می‌شود.

مذاکرات متعددی با کشور‌های ترکیه، مالزی، اندونزی، عمان، پاکستان، قطر، بنگلادش، قزاقستان و آذربایجان و شهر‌های یزد و اصفهان برای برگزاری آیین اعطای این جایزه در دوره پنجم شده  اما اصفهان توانست از رقبای خود برای برگزاری این مراسم سبقت بگیرد.

اصفهان به عنوان پایتخت فرهنگی جهان اسلام شناخته می‌شود که با توجه به ویژگی‌های تاریخی- فرهنگی، این شهر در برگزاری پنجمین جایزه مصطفی امتیاز بالایی را در میان شهر‌های کاندید کسب کرد.

با توجه به برگزاری جایزه مصطفی در شهر اصفهان، ستاد اجرایی این دور از جایزه، تحت نظر استاندار اصفهان شکل گرفت. بنیاد ملی نخبگان استان اصفهان نیز به عنوان دبیر ستاد و دبیرخانه این رویداد علمی فعالیت می‌کنند. همچنین سایر نهاد‌ها و صنایع اصفهانی جزء کمیته برگزاری پنجمین جایزه مصطفی هستند.

بنیاد ملی نخبگان در راستای ایجاد زمینه ارتباط بیشتر دانشمندان جهان اسلام با یکدیگر در تلاش است که در کنار این رویداد فضای همکاری و تعامل بیشتر برگزیدگان و میهمانان بین المللی جایزه مصطفی را فراهم کند.

اصفهان دارای ظرفیت‌های علمی و فناوری متعددی است. دانشگاه‌های متعددی در این استان وجود دارد که دانشگاه اصفهان، دانشگاه صنعتی اصفهان و دانشگاه علوم‌پزشکی اصفهان جزء مهم‌ترین مراکز آموزشی این استان به حساب می‌آیند. همچنین شهرک علمی تحقیقاتی اصفهان را باید جزء ظرفیت‌های علمی و فناوری این استان تاریخی به حساب آورد.

اعطای جایزه مصطفی در راستای تجلیل از دانشمندان برجسته مسلمان و زمینه‌سازی همکاری و توسعه علمی و فناوری جهان اسلام، همچنین به عنوان یکی از نماد‌های شایستگی و برتری علمی در سطح جهان صورت میگیرد و اکنون دوره پنجم آن در هفته وحدت و به میزبانی استان اصفهان از ششم تا دوازدهم مهر برگزار خواهد شد.