پرچم حرم مطهر رضوی در طول سال به مناسبت‌های مذهبی در اعیاد و سالروز شهادت ائمه معصومین(ع) چندین بار تعویض می‌شود که بیشترین مدت سیاه‌پوش ماندن آن در ماه‌های محرم و صفر است.

هر سال دو بار در این میان پرچم گنبد مطهر حضرت امام رضا(ع) به طور رسمی و در آیینی ویژه تعویض می‌شود که یک بار آن در ابتدای ماه محرم الحرام است که پرچم سیاه به مدت دو ماه بر گنبد حرم مطهر به نشان عزاداری حضرت اباعبدالله الحسین(ع) افراشته می‌ماند.

مرتبه دیگر آیین ویژه تعویض پرچم نیز در سالروز میلاد ثامن الحجج(ع) انجام می‌شود. در سایر ایام از قبیل سالروز وفات و شهادت معصومین نیز این پرچم بدون برگزاری آیین ویژه تعویض می‌شود.