با این حال، توافقنامه مذکور با اعتراضهایی از سوی گروه موسوم به شورای ملی، و مخالفت قاطع گروه های مخالف سوری داخل سوریه مواجه شد.

مخالفان خارج نشین در دوحه، "معاذ الخطیب" را بعنوان رئیس ائتلاف جدید اعلام کرده و "ریاض سیف" معاون اول و "سهیر الاتاسی" بعنوان معاون دوم وی معرفی شدند. پیش بینی شده است که کرسی سوریه در اتحادیه عرب به معاذ الخطیب داده شود.

توافقنامه دوحه که خواستار براندازی نظام سوریه شده، با همه طرح ها و ابتکارهای بین المللی از جمله مأموریت "الاخضر الابراهیمی" فرستاده سازمان ملل متحد در تضاد است. در این توافقنامه برخلاف همه تلاشهای بین المللی قبلی برای گفت و گو و مذاکره مخالفان با دولت سوریه، تأکید شده است که ائتلاف جدید حق هرگونه مذاکره با نظام سوریه را ندارد.