وی درباره گفتگوهای تلفنی مقامات دفاعی آمریکا و روسیه و اینکه آیا امکان همکاری بین دو طرف در موضوع سوریه وجود دارد یا نه، گفت: من اصلا چنین باوری ندارم؛ صریح صحبت کنیم، اهداف راهبردی روسیه در رابطه با رژیم اسد ۱۸۰ درصد متفاوت با سیاست‌های آمریکاست. دخالت نظامی روسیه در سوریه برای حمایت از اسد بود در حالی که حمایت آمریکا از مخالفان برای ساقط کردن اسد بود. حال روسیه و آمریکا، هر دو به داعش برخورده‌اند و اولویت به صورت کامل متفاوت شده است.
سفیر سابق آمریکا در سازمان ملل ادامه داد در این زمان رفتن به دنبال مبارزه با داعش برای ما به صورت اتفاقی از ساقط کردن اسد مهم‌تر شده است و برای روس‌ها نیز مبارزه با داعش برای حفظ اسد در قدرت است. من در واقع بسیار نگران اقدامات روس‌ها در این میان هستم، زیرا مشاوران آمریکایی نیز در میان این نیروهای مخالفی هستند که روس‌ها آن‌ها را بمباران کردند.
بولتون درباره درخواست دیپلمات‌ها از اوباما برای تغییر در راهبرد نظامی آمریکا در سوریه گفت: «من هرگز این اندازه و حجم از نارضایتی را ندیده بودم. به نظر من هر آنچه که آمریکا بخواهد بیش از این در سوریه انجام دهد، برای ایران تهدید به شمار می‌آورد. صریح صحبت کنیم، این فقط روس‌ها نیستند که از اسد حمایت می‌کنند بلکه ایران نیز هست که حزب‌الله را از لبنان به سوریه آورده است و از آغاز نیز همینطور بود.»
وی در ادامه مدعی شد: اوباما نگران این است که اگر کاری انجام دهد که بر منافع ایران در سوریه و لبنان تاثیر بگذارد، توافق هسته‌ای که با تهران به دست آورده است به خطر می‌افتد. این چیزی است که وی در نظر می‌گیرد.
این مقام سابق آمریکایی درباره اقدام قاطع نظامی ضد اسد و واداشتن وی به مذاکره گفت: این نیز احتمال دارد؛ اگر یک روز صبح وی بیدار شود و ببیند همه ناوگان بالگرد‌هایش از میان رفته‌اند شاید این کار را بکند. مشکل اینجاست که اگر ما در ساقط کردن اسد نیز موفق باشیم، هیچ تضمینی مبنی بر اینکه جانشین وی چه کسی خواهد بود، وجود ندارد. شاید این احتمال روی کاغذ در سال ۲۰۱۱ ممکن بود ولی اکنون پنج سال است که جنگ داخلی جریان دارد ما کنترل خود را روی مخالفان از دست داده‌ایم و از دیگر سو، داعش را نیز پیش رو داریم که باید با آن مقابله شود.
وی افزود: شاید زمانی این فرصت وجود داشت که بتوان دولت و کشور سوریه را در کنار هم و منسجم نگاه داشت ولی به نظر می‌رسد این فرصت از دست رفته است. سیاستی که دولت آمریکا باید روی آن متمرکز شود، ساقط کردن حکومت در تهران است، آن‌ها اصلیترین تهدید برای صلح و امنیت در خاورمیانه و جهان هستند.