به گزارش خبرنگار پارلمانی باشگاه خبرنگاران، نخستین استیضاح وزراء دولت یازدهم در روز چهارشنبه ۲۹ مرداد ۱۳۹۳ در مجلس شورای اسلامی برگزار شد."رضا فرجی‌دانا" وزیر علوم، تحقیقات و فناوری با ۱۴۵ رأی موافق، ۱۱۰ رأی مخالف و ۱۵ رأی ممتنع از مجموع ۲۷۰ رأی مأخوذه رأی آورد و از وزارت علوم برکنار شد.
فرجی‌دانا در ۱۲ آبان ۱۳۹۲، طی حکمی، جعفر میلی منفرد را به عنوان معاون آموزشی، جعفر توفیقی را به عنوان مشاور ارشد، وزارت علوم، تحقیقات و فناوری منصوب کرد که با واکنش منفی برخی از نمایندگان مجلس روبرو شد و نهایتا این امر منجر به استیضاح وی شد.