خلیج فارس سال‌ها است که با آلودگی زیست محیطی و فاضلاب‌های شهری و صنعتی برای آبزیان و البته انسان‌ها محیطی نا امن شده است. رشد جلبک و نیزار یکی دیگر از مشکلات این فاضلاب‌های رها شده به دریا هستند و نیزار‌ها محلی برای زاد و ولد و تکثیر پشه‌ها شده است. بیشتر شناگاه‌های بندر بوشهر با هشدار‌های داده شده از سوی مراجع بهداشتی برا شنا مناسب نیست با این حال دریا تنها تفریح مردم ساحل نشین بوشهر بشمار می‌رود و در فصل تابستان این شناگاه‌های آلوده مملو از کودکانی است که ماسه‌های آلوده را وسیله بازی خود می‌دانند.
دفن غیر اصولی زباله در منطقه «خرگوشناب» استان لرستان چالشی تاریخی است، اینجا طلای کثیف منطقه گردشگری را از عیار انداخته و نگرانی‌ها در مورد آلودگی منابع آب جدی است.