مرحله دوم بیست و نهمین دوره رقابت‌های لیگ برتر واترپلو کشور پنجشنبه ۷ آذر ۱۳۹۸ به میزبانی تیم‌های دانشگاه آزاد و پیشگامان کویر یزد آغاز شد. مرحله اول این رقابت‌ها ۱۶ و ۱۷ آبان در تهران پیگیری شد که تیم‌های پرسپولیس و گچساران به ترتیب در گروه A و B هر دو با ۶ امتیاز صدر نشین شدند. این دوره از مسابقات با حضور تیم‌های پرسپولیس، دانشگاه آزاد، استخر نوفلاح و سایپا در گروه A و تیم‌های رعد پدافند، پیشگامان کویر یزد، نفت امیدیه و نفت و گاز گچساران در گروه B پیگیری می‌شود. در دیدار نخست گروه A دو تیم دانشگاه آزاد و شهید نوفلاح به مصاف هم رفتند که این دیدار با نتیجه ۱۳ بر ۸ به سود دانشگاه آزاد به پایان رسید. سپس تیم‌های پرسپولیس و سایپا به آب زدند و این دیدار حساس و پایاپای با نتیجه ۱۰ بر ۸ به سود پرسپولیس خاتمه یافت. همچنین در دیدار نخست گروه B دو تیم امیدیه و پیشگامان در یزد به مصاف هم رفتند که این دیدار با نتیجه ۱۰ بر ۷ به سود امیدیه تمام شد.