پس از اعلام نتایج اولیه کنکور، سازمان سنجش کشور نسبت به نتایج حدود یک هزار نفر از داوطلبان کنکور سراسری ۱۴۰۱ مشکوک شد.

شبهات وارده به نتایج آزمون این داوطلبان با استناد به مواردی مانند همخوان نبودن نتایج آزمون کتبی با سوابق تحصیلی، یا عدم مطابقت نتیجه به دست آمده آزمون ۱۴۰۱ با آزمون‌ها قبلی بود و این دو مورد، معیاری برای شبهه‌دار شدن نتایج برخی از داوطلبان قرار گرفت.

این داوطلبان دو بار در آزمون رفع شبهه شرکت کردند. نخستین آزمون در نیمه مهر برگزار شد و زمان برگزاری آزمون دوم ۴ آذر بود. پس از برگزاری آزمون اول، گروهی از داوطلبانی که در آزمون اول شرکت کرده بودند، در اعتراض به برگزاری آزمون دوم یکشنبه ۲۹ آبان مقابل وزارت علوم، تحقیقات و فناوری تجمع کردند.

حسن مروتی، معاون امور آزمون‌های سازمان سنجش در یک نشست خبری که ۷ آبان برگزار شد، درباره این گروه از داوطلبان گفت: هزار نفر از داوطلبان آزمون ورود به دانشگاه‌ها برای آزمون رفع شبهه دعوت شدند که از این تعداد، حدود ۷۷۷ نفر در آزمون رفع شبهه شرکت کردند. ما به داوطلبان اعلام کرده‌ایم، اگر نیمی از میزان نمره آزمون قبلی را به دست بیاورند، می‌توانند وارد دانشگاه شوند. تعدادی از افراد که در این آزمون شرکت کردند، موفق به کسب حد نصاب لازم شدند.

از این تعداد تنها ۸ نفر تبرئه شدند و توانستند ۳۴ درصد و بیشتر از نمره آزمون سراسری خود کسب کنند که با بررسی‌ها مشخص شد این ۸ نفر دانش آموزان سال یازدهمی بودند که در برگه ثبت نام خود را دانش آموزان کاردانش و فنی حرفه‌ای معرفی کرده اند و نمره سوابق تحصیلی خود را صفر رد کرده بودند و همین امر موجب شده بود که در نمره آزمون آن‌ها شبهه وارد شود.