مراجع عظام تقلید درباره تغییر جنسیت نظراتی  دارند که در این گزارش به نظرات این بزرگان می‌پردازیم :

آیت الله العظمی خامنه ای:

سؤال: آیا عمل جراحی تغییر جنسیت جایز است؟

جواب: تغییر جنسیت جایز نیست؛ مگر آنکه از راه های علمی و عرفی اطمینان آور، ثابت شود که اعضا و اندام ظاهری، خلاف جنسیت واقعی است، در این صورت اقدام به تبدیل و تطبیق اعضای ظاهری با جنسیت واقعی فی نفسه جایز است، همچنین در صورتی که جنسیت واقعی ــ حتی با آزمایش های علمی ــ ثابت نشود و متقاضی تغییر، در وضعیت اضطرار شدید روحی باشد، جواز عمل مزبور فی نفسه بعید نیست.

آیت الله العظمی سیستانی:

پرسش: آیا تغییر جنسیت اشکال دارد ؟

پاسخ: اگر مقصود از تغییر جنسیت این باشد که با عمل جراحی آلت تناسلی مرد را قطع کنند و به جای آن برای او مجرای ادرار و آلت تناسلی مصنوعی بسازند و با تزریق هورمون علامات زنانگی از قبیل ریختن موهای صورت و برآمدگی سینه در او ایجاد کنند ، یا در مورد زنی که تغییر جنسیت می دهد مقصود این باشد که برای او آلت تناسلی مردانه مصنوعی قرار دهند و با تزریق هورمون علامات مردی از قبیل کوچک شدن سینه و روییدن موی صورت ایجاد کنند ، این امر موجب تغییر واقعی جنسیت نیست و احکام شرعی او تغییر نمی کند و از جهتی چون مستلزم کشف عورت و لمس آن است جایز نیست.
واما اگر مقصود تغییر دستگاه تناسلی داخلی وخارجی باشد که معیار اختلاف زن ومرد است ، پس این امر فی حد ذاته با قطع نظر از لوازمی که ممکن است حرام باشد اشکال ندارد ، ولی تا به حال این امر محقق نشده است و آن چه تا به حال صورت پذیرفته همان تغییر ظاهری است که تاثیری در تغییر احکام ندارد.
البته ممکن است در مورد کسانی که دچار ناهنجاری در دستگاه تناسلی شده اند با عمل جراحی آلت تناسلی مردانه را که مخفی شده است در مردی که ظاهری زنانه دارد ولی دستگاه تناسلی داخلی را ندارد نمایان سازند یا به عکس آلت تناسلی ظاهری مردانه را از زنی که دستگاه تناسلی زنانه داخلی دارد قطع کنند.
و این کار فی حد ذاته اشکالی ندارد و ارتباطی با تغییر جنسیت ندارد و البته اگر مستلزم نگاه یا لمس حرام باشد در صورتی جایز است که ضرورت داشته باشد یا ترک آن مستلزم حرج ومشقت شدید باشد .

آیت‌الله شبیری زنجانی:تمایلات جنسی مجوز و ملاک برای تغییر جنسیت نمی‌شود

آیت‌الله شبیری زنجانی با انتقاد از جواز تغییر جنسیت گفت: روحیات شدید و تمایلات جنسی یا نفسانی مناط و ملاک برای تغییر جنسیت نمی‌شود و اینکه اگر دادگاه جواز تغییر جنسیت را بر این اساس بدهد، ما این را خلاف شرع می‌دانیم.

مرحوم آیت الله العظمی صافی گلپایگانی:

پرسش: آیا تغییر جنسیت شرعاً ایراد دارد؟ ازدواج با کسی که تغییر جنسیت داده چه حکمی دارد؟

پاسخ: کسی که جنسیّتش محرز است، تغییر جنسیت برای او جایز نیست و اگر با عدم جواز، کسی این کار را با این که تحقّق آن بعید است انجام دهد و حقیقتاً جنسیّت او؛ چه در اعضای ظاهری بدن و چه اعضای باطنی تغییر کند به طوری که واقعاً مرد، زن شود و با زنان دیگر فرق نداشته باشد و یا بالعکس، در این صورت حکم روابط بر اساس جنسیّت جدید است.

آیت الله العظمی مکارم شیرازی:

پرسش: مردی در اثر عدم تربیت صحیح، و مراعات نکردن مسائل شرعی در خانواده، در کودکی لباس زنانه پوشیده، و اکنون که بزرگ شده خود را زن میداند، و با استفاده از داروهای شیمیایی حالات زنانه را در خود تقویت کرده، و درخواست تغییر جنسیّت دارد، آیا میتواند تغییر جنسیّت بدهد؟

پاسخ: تغییر جنسیّت صوری جایز نیست، ولی اگر جنسیّت واقعی او خلاف آن است که در او ظاهر میباشد، تغییر آن جایز، بلکه گاه واجب است.

پرسش: تغییر جنسیّت از نظر شرع چگونه است؟

پاسخ: تغییر جنسیّت و ظاهر ساختن جنسیّت واقعی (در افراد دو جنسی که یک جنس آنها غلبه دارد) خلاف شرع نیست؛ بلکه واجب است. البته باید از مقدمات مشروع استفاده شود یعنی نظر و لمس حرام در آن نباشد، مگر اینکه به حد ضرورت برسد، ولی تغییر جنسیّت صوری و کاذب جایز نیست.

منبع:خبر حوزه