«کاخ موزه نیاوران» در مجموعه باغ نیاوران در ضلع شمال شرقی میدان شهید باهنر (نیاوران) تهران واقع شده است. باغ ییلاقی فتحعلیشاه قاجار در نیزاری کنار روستای «گُرده وی» یا «گُرده به» در محله نیاوران امروزی قرار داشت ساخته شد که آن را «نی آوران» نامیده و بعدها به نام «نیاوران» مشهور شد.
محمدشاه قاجار نیز بعدها در باغ نیاوران بنای کوچک و سادهای ساخت که به دنبال او ناصرالدینشاه نیز ”کاخ صاحبقرانیه» را ساخت. آخرین بنایی که در دوران قاجار در این باغ ساخته شد ”کوشک احمدشاهی» است. کاخ کوچک فتحعلیشاه نیز در باغ نیاوران در زمان محمدرضا پهلوی تخریب و کاخ نیاوران بجای آن ساخته شد. طراح بنا محسن فروغی بود که طرح خود را بیشتر از معماری ایرانی و تلفیقی از هنر پیش و پس از اسلام الهام گرفته بود.
کاخ نیاوران با مساحتی در حدود ۹۰۰۰ مترمربع در دو طبقه و یک نیم طبقه در باغ نیاوران واقع شده است. در دوران ستمشاهی ابتدا این کاخ را به عنوان محلی برای پذیرایی سلطنتی و اقامت میهمانان عالی رتبه دربار طراحی نمودند، اما در حین عملیات اجرایی با اعمال تغییراتی در کاربری به محل سکونت محمدرضا پهلوی و خانواده او اختصاص یافت.
پس از انقلاب اسلامی در سال ۱۳۶۵ کاخ موزه نیاوران برای اولین بار گشایش یافت. در سال ۱۳۶۸ مرکز آموزش عالی میراث فرهنگی در محل مدرسه اختصاصی راه اندازی شد و یک سال بعد فضاهای جانبی آن به خوابگاه پسران اختصاص یافت. در سالهای بعد کتابخانه اختصاصی، کاخ نیاوران، کوشک احمدشاهی، کاخ صاحبقرانیه، موزه جهاننما، باغ کتیبهها، موزه حوضخانه، موزه خودروهای کاخ نیاوران و مدرسه اختصاصی نیز در معرض بازدید عموم قرار گرفت.