علاقه فراوان وی به اسلام و روحانیت و راهنمایی‌های پدر بزرگوار و دوستان دلسوزش موجب گردید که بعد از اتمام دوران ابتدایی در سال 1324 به صف طلاب حوزه بپیوندد. وی در راه فراگیری علوم اهل بیت علیه‌اسلام تلاشی بی‌وقفه و فوق‌العاده داشت و خود را به طور کامل در جهت کسب دانش و علم وقف کرده بود، از این رو در اندک زمانی به رشد فرهنگی و علم بالایی دست یافت و در کمتر از شش سال دروس سطح حوزه را به پایان رسانید. وی در این دوره از اساتیدی مثل آیات بزرگوار شیخ مرتضی حائری، شهید صدوقی، سلطانی و شیخ عبدالجواد اصفهانی بهره جست.

عزیزان من! در ایران، در آن دوران چهارده ساله - بخصوص در این سالهای آخر - مبارزان اسلامی احساس تنهایی نمیکردند؛ همیشه احساس میکردند که امام با آنها مرتبط و متّصل است. در ماجرای درگذشت فرزندش، یک بُعد دیگر از ابعاد اینشخصیت عظیم آشکار شد. خیلیها بزرگند، عالمند، شجاعند؛ اما آن کسانیکه این عظمتها در درون عواطف و در زوایا واعماق دل آنها امتداد داشته باشد، خیلی زیاد نیستند. مرد مسنّی در سنین نزدیک به هشتاد سال در آن زمان، وقتی که فرزند فاضل و برجسته‌اش از دنیا رفت - که در واقع پسر او هم یک پسر برجسته و یک فاضل و یک عالم ممتاز و یک امید آینده بود - جمله‌ای که از او نقل شد و شنیده شد، این بود که «مرگ مصطفی از الطاف خفیه الهی است»! او این را مهربانی الهی ولطف پنهانی خدا تلقّی کرد؛ این‌طور فهمید که خدا به او لطف کرده است؛ آن هم لطفی پنهانی! ببینید چقدر عظمت میخواهد در یک انسان! این مصیبتها و این سختیها و این شدّتهایی که در دوران انقلاب بر این مرد بزرگ وارد آمد و او مثل کوه استواری آنها را تحمّل کرد، ریشه‌اش در همین عظمت روحی است که در مقابل مرگ عزیزی این‌چنین، چنین برخوردی پیدا میکند. بعد هم قضیه تبعید ایشان از عراق و شروع هجرت آن بزرگوار به کویت و سپس به فرانسه بود؛ که فرمود اگر به من اجازه اقامت در کشوری ندهند، فرودگاه به فرودگاه خواهم رفت و پیامم را به همه دنیا خواهم رساند. آن عظمت، آن شجاعت، آن شرح صدر، آن استقامت کم‌نظیر، آن قدرت رهبری الهی و پیامبرگونه، باز خودش را در این‌جا نشان داد. این هم بُعد جدیدی از ابعاد شخصیت آن بزرگوار بود. بعد هم که جریانِ آمدن ایشان به ایران و مواجهه با آن قضایا و تشکیل نظام جمهوری اسلامی بود.

اولین کسی که از این واقعه آگاه شد و دیگران را نیز مطلع نمود، خادمه منزل حاج آقا مصطفی به نام صغری خانم بود. وی مشاهدات خود را به شرح ذیل بازگو می‌کند:

«شب‌، آخر قرار بود برای آقا مهمان بیاید. چون دیر وقت بود، ایشان آمدند و به من گفتند: صغری برو بخواب‌، من خودم در را باز می‌کنم‌. من هم اول به حرم رفتم‌، نماز خواندم‌، زیارت کردم‌، بعد به خانه آمدم و خوابیدم‌. صبح که طبق معمول‌، صبحانه آقا را بالا بردم‌، دیدم آقا روی کتاب‌هایشان خم شده‌اند، فکر کردم که خوابشان برده است‌، صدایشان کردم و گفتم‌: آقا... آقا خوابتان برده‌... که دیدم جواب نمی‌دهند و زیر چشمشان هم به رنگ خرما شده است‌. پایین رفتم و خانم ایشان را که مریض بود، صدا کردم و خودم هم به کوچه رفتم و فریاد زدم که آقا مصطفی (ره‌) مریض شده است که در این هنگام آقای دعایی مرا دید و با یکی دو نفر دیگر به بالا آمد و آقا را به بیمارستان بردند و دیگر نمی‌دانم چه شد.»

خانم معصومه حائری یزدی‌، همسر مرحوم آقا مصطفی‌، دومین نفری بود که از درگذشت شوهرش مطلع شد. وی نیز در این زمینه گفته‌ است:

«حاج آقا مصطفی‌ مردی بسیار قوی و از سلامت کامل برخوردار بود، هیچ‌گونه ناراحتی و بیماری نداشت‌، به همین دلیل برخلاف آن چه شایع کردند سکته قلبی‌، خیلی بعید به نظر می‌رسید».