از اهداف اصلی این سازمان هم می‌توان به ارتقاء همبستگی اسلامی میان کشورهای عضو، حمایت از همکاری میان کشورهای عضو در زمینه‌های اقتصادی، اجتماعی، فرهنگی، علمی و دیگر موارد اساسی و مشورت میان کشورهای عضو در سازمان‌های بین‌المللی، تلاش در جهت محو تبعیض نژادی و خاتمه بخشیدن به استعمار در تمام اشکال آن، اتخاذ تدابیر لازم برای پشتیبانی از صلح و امنیت بین‌المللی مبتنی بر عدالت، هماهنگ کردن تلاش‌ها به‌منظور حفاظت از اماکن مقدس و آزادسازی آنها و پشتیبانی از مبارزه ملت فلسطین و کمک به این ملت درجهت بازپس گرفتن حقوق خود و آزاد کردن سرزمین، پشتیبانی از مبارزه تمام ملل اسلامی در راه حفاظت از کرامت، استقلال و حقوق ملی، ایجاد جوی به منظور ارتقاء همکاری و تفاهم میان کشورهای اسلامی و دیگر کشورها اشاره کرد.

سازمان همکاری اسلامی در طول تاریخ شکل‌گیری خود تاکنون 12 نشست سران و چند نشست فوق‌العاده برگزار کرده است، این نشست ها هر کدام بنا به شرایط سیاسی و اجتماعی عمومی منطقه و جهان به برخی موضوعات به صورت محوری پرداخته‌اند.

اولین نشست سران کشورهای اسلامی که در واقع زمینه‌ساز شکل‌گیری سازمان کنفرانس اسلامی به صورت رسمی شد، در سپتامبر سال 1969 در کشور مراکش برگزار شد، با وجود اینکه پیش از این سال نیز درخواست‌هایی برای تشکیل کنفرانسی از کشورهای اسلامی مطرح بود، اما اجماعی در مورد آن صورت نمی‌گرفت، چرا که برخی از کشورها از جمله مصر این طرح را توطئه‌ای آمریکایی برای نفوذ بر جهان عرب و شکستن ناسیونالیسم عربی معرفی می‌کردند، اما جنگ اعراب و اسرائیل و تشدید جنایات رژیم صهیونیستی علیه فلسطینی‌ها از جمله آتش‌سوزی مسجد‌الاقصی خشم مسلمانان جهان را برانگیخت و زمینه‌ساز تقویت وحدت اسلامی در مبارزه با دشمنان شد. به دنبال این جریانات به دعوت شاه مغرب کنفرانس فوق‌العاده‌ای با شرکت 24 کشور برای بررسی خطرهایی که مقدسات اسلامی را تهدید می‌کند در مراکش تشکیل گردید که مقدمات تشکیل سازمان کنفرانس اسلامی را مهیا کرد.

دومین نشست سران کشورهای عضو سازمان کنفرانس اسلامی که اولین نشست بعد از تصویب رسمی تشکیل این اجلاس به شمار می‌رود، در روزهای 22 تا 24 فوریه سال 1974 در شهر لاهور پاکستان برگزار شد، در این نشست محورهای زیادی مورد بررسی قرار گرفت که موضوع فلسطین و اشغالگری صهیونیست‌ها از جمله مهم‌ترین محورهای آن به شمار می رود، اعضای این نشست با تاکید بر دین مشترک و مبارزه مشترک و همبستگی میان یکدیگر برای توسعه جمعی، آرمان فلسطین را آرمان تمامی کشورهای اسلامی دانسته و گفتند که اجازه نمی‌دهند برای تحقق منافع منطقه‌ای یا منافع دیگر علیه این آرمان از زور استفاده شود. آنها کشورهای اسلامی را مسئول اتفاقات فلسطین دانستند.

این نشست با تاکید بر قداست شهر قدس و مسجد الاقصی تاکید کرد که کشورهای اسلامی هیچ توافق یا پروتکلی را که اجازه ادامه اشغالگری صهیونیست ها بر قدس را بدهد، امضا نمی کنند و هر گونه مذاکرات برای تحقق سازش در منطقه را مشروط به عقب نشینی اسرائیل از قدس می دانند.

سومین نشست سران کنفرانس اسلامی در روز های 25 تا 28 ژانویه در شهر مکه مکرمه برگزار شد، این نشست بعد از مذاکرات سه روزه خود مصوباتی داشت که در زمینه‌های مختلف قابل بررسی است، برنامه کاری اسلامی برای مقابله با دشمن صهیونیستی، برنامه حمایت از قدس و خاورمیانه، مصوبه نشست در مورد اوضاع افغانستان، تاکید بر همبستگی اسلامی، مصوباتی در مورد جنگ ایران و عراق از دیگر موارد توافق شده در این نشست بود، بیانیه نشست در مورد جنگ تحمیلی بدون اشاره به مسئولیت عراق در تجاوز نظامی به جمهوری اسلامی، خواستار توقف فوری درگیری‌ها و آتـش بس میان دو طرف شد.

این نشست در روزهای 16 تا 19 ژانویه سال 1984 در شهر «دار البیضا» در مراکش برگزار شد، این نشست بار دیگر بر مواضع گذشته خود در موضوع اشغالگری رژیم صهیونیستی و حمایت از قدس شریف و جنگ ایران و عراق تاکید کرده و همچنین موضع گیری‌هایی نیز در مورد تجاوز هوایی آمریکا به سوریه و بلندی‌های جولان و ائتلاف آمریکا و رژیم صهیونیستی اتخاذ کرده و آن را عامل تهدید کننده منطقه دانست.

این نشست در روزهای 26 تا 29 ژانویه سال 1987 در کویت برگزار شد، بیانیه پایانی این اجلاس با اشاره به اسامی کشورها و سازمان‌های شرکت کننده در آن با تاکید بر حمایت مجدد از آرمان فلسطین سیاست آمریکا در حمایت نامحدود از رژیم صهیونیستی را محکوم کرده و خواستار ارتباط با گروه های اروپایی برای احترام بیشتر به قوانین و منشورهای بین‌المللی در این زمینه شد. این اجلاس همچنین از اعضای شرکت کننده خواست تا از هر ارتباط مستقیم و غیر مستقیم با رژیم صهیونیستی اجتناب کنند. کشورهای اسلامی حاضر در این نشست اشغالگری اسرائیل در جنوب لبنان را نیز محکوم کرده و خواستار خروج فوری صهیونیست‌ها از جنوب لبنان شدند.

ششمین اجلاس سازمان کنفرانس اسلامی در روزهای 9 تا 11 دسامبر سال 1991 در داکار برگزار شد، این نشست نیز علاوه بر تاکید بر مواضع قبلی در زمینه آزادسازی سرزمین های اشغالی بویژه بلندی های جولان و ضرورت حمایت از آرمان فلسطین و قدس شریف جنایات صهیونیست ها در جنوب لبنان را محکوم کردند، اشغالگری عراق در کویت از دیگر محورهای مذاکرات این نشست بود و اعضا اقدام عراق در اشغال کویت را محکوم کردند.

اجلاس هفتم سازمان کنفرانس اسلامی نیز برای سومین بار در مراکش و شهر دارالبیضا برگزار شد، این نشست بین روزهای 13 تا 15 دسامبر سال 1994 برگزار شد و اعضای شرکت‌کننده با تاکید بر حمایت از آرمان فلسطین و قدس اشغالی، عقب‌نشینی‌هایی را در تقابل با دشمن صهیونیستی از خود نشان داده و حمایت خود را از روند سازش بر اساس رویکرد «زمین در برابر صلح» و سایر طرح های دیگر اعلام کردند. این نشست البته توطئه صهیونیست ها در تقسیم حرم ابراهیمی در شهر الخلیل را محکوم کرده و خواستار پایداری شهروندان سوری و لبنانی در جولان سوریه و جنوب لبنان علیه اشغالگری صهیونیست‌ها شد. حمایت از تمامیت ارضی بوسنی و محکومیت تجاوز صرب‌ها به این کشور از دیگر بندهای بیانه پایانی این نشست بود.

هشتمین اجلاس سران کنفرانس اسلامی در روزهای 9 تا 11 دسامبر سال 1997 در تهران برگزار شد، موضوعاتی نظیر قدس شریف و آرمان فلسطین، بوسنی و هرزگوین، جامو و کشمیر، افغانستان، سومالی، تجاوز آمریکا به لیبی در سال 1986، همبستگی با ایران و لیبی در مورد قانون داماتو، تاکید بر خلع سلاح های کشتار جمعی در منطقه و ضرورت رهایی از زباله‌های هسته ای و مسموم در این اجلاس به بررسی گذاشته شد.

اجلاس بعدی سران کشورهای اسلامی در دوحه قطر و در روزهای 12 و13 نوامبر برگزار شد، بیانیه پایانی نشست نیز با اشاره به کشورها و سازمان های عضو و ناظر شرکت کننده در نشست بر ضرورت قطع روابط کشورهای عضو که با اسرائیل ارتباط دارند، تاکید کرده و جنایات صهیونیست ها در فلسطین اشغالی و قدس شریف و هتک حرمت مسجد الاقصی در بستن دربهای آن را محکوم نمودند. بیانیه با حمایت از ملت سوریه در اراضی اشغالی از رژیم صهیونیستی خواست تا به تعهدات خود در قبال منشورهای بین المللی عمل کند.

بیانیه مذکور با تبریک پیروزی ملت لبنان در بیرون راندن دشمن صهیونیستی از جنوب سرزمین‌های خود خواستار تعین تکلیف ربوده شده‌های لبنانی از زندان‌های رژیم صهیونیستی شد.

در سایه افزایش تهدیدات غرب درباره حمله به عراق، سازمان کنفرانس اسلامی در روز 5 مارس سال 2003 و نزدیک به یک ماه قبل از حمله آمریکا به این کشور نشست فوق العاده‌ای را ترتیب داد، در این نشست کشورهای عضو هر گونه حمله احتمالی به عراق را محکوم کردند و بر ضرورت حمایت از امنیت عراق تاکید کردند، آنها همچنین اعلام کردند که هیچ یک از کشورهای عضو نباید در حمله احتمالی به عراق شرکت کنند.

بررسی اوضاع خطرناک فلسطین اشغالی و افزایش جنایات و تجاوزهای صهیونیست‌ها در اشغال شهرها و محدود کردن ارتباطات ملت فلسطین با دنیای خارج دومین محور مذاکرات در نشست فوق العاده دوحه بود. توقف ساخت دیوار نژاد پرستانه حایل، توقف شهرک سازی صهیونیستی و پایان دادن به اشغال شهرهای فلسطین از دیگر مطالبات کشورهای اسلامی در این نشست بود.

دهمین اجلاس سران کشورهای اسلامی در 16 و 17 اکتبر در مالزی برگزار شد، این نشست مصوبه‌هایی را در مورد آرمان فلسطین، قدس شریف و همچنین مناقشه جامو و کشمیر و اشغال اراضی سوریه و لبنان از سوی دشمن صهیونیستی و همچنین منازعه اعراب و اسرائیل داشت، کشورهای اسلامی تهدیدات رژیم صهیونیستی علیه یاسر عرفات را محکوم کرده و ادامه خشونت‌های صهیونیست‌ها علیه ملت فلسطین و شهرک سازی صهیونیستی را محکوم کردند. این کنفرانس که پیشتر مواضع تندی علیه حمله خارجی به عراق اتخاذ کرده بود، از تشکیل شورای حکومت انتقالی در عراق استقبال کرده و از اشغالگران خواست تا به آزادی های مدنی و دینی و فرهنگی عراقی ها احترام بگذارند.

این نشست در روزهای 7 و 8 دسامبر سال 2005 در مکه مکرمه برگزار شد و در آن اوضاع فلسطین اشغالی و عراق، جامو و کشمیر، سومالی، قبرس و سودان به بررسی گذاشته شد، همزمان با افزایش اقدامات تروریستی در عراق، این نشست اقدامات تروریستی در این کشور را محکوم کرده و همچنین تصاویر موهن و اهانت به پیامبر اعظم اسلام را نیز محکوم کرده و نسبت به آن ابراز نگرانی کرد.

این نشست در روزهای 13 و 14 مارس سال 2008 در داکار برگزار شد، حمایت از آرمان فلسطین و درگیری‌های عربی- اسرائیلی، محکومیت حمله نظامی رژیم صهیونیستی به نوار غزه، نگرانی از اوضاع انسانی در غزه و دعوت از کمیته چهارجانبه و جامعه جهانی برای حل این مشکلات، تاکید بر ابتکار عربی برای حل بحران لبنان و محکومیت شدید جنایات صهیونیست ها در حمله به لبنان از دیگر موضوعات مطرح شده در این نشست بوده است.

این نشست همچنین اقدامات آمریکا در تحمیل تحریم های یک جانبه علیه سوریه را نیز محکوم کرده و قانون مجازات سوریه را باطل اعلام کرده و بر همبستگی خود با ملت سوریه تاکید کرد. اعلام همبستگی با دولت و ملت سودان، تاکید بر حاکمیت و تمامیت ارضی سومالی از دیگر محورهای این نشست بود.

دوازدهمین نشست سران 57 کشور عضو سازمان همکاری‌های اسلامی به مدت دو روز در قاهره برگزار شد. در این نشست محمود احمدی نژاد بنابه دعوت رسمی محمد مُرسی رییس‌جمهور وقت این کشور در این نشست شرکت کرد و مسائل مهم جهان اسلام و بحران‌های جاری در کشورهای اسلامی بویژه در سوریه، بحرین و فلسطین مورد بحث و بررسی قرار گرفت.