«مرگ مشکوک» وی باعث شعلهور شدن مبارزات انقلابی شد و انقلابیون آن را شهادت نامیدند و مراسم چهلم آن زنجیرهای از اعتراضات را رقم زد که به انقلاب بهمن 1357 انجامید.
در سال 1356 بحرانی گریبان سلطنت پهلوی را گرفت که پیآمدهای آن پایان عمر رژیم را حتمی کرد. و آن بحرانی بود که با شهادت آیتالله سید مصطفی خمینی آغاز شد. ایشان در واپسین ساعات روز 30/7/56 در منزل خود در شهر نجف اشرف به شیوهای نامعلوم به شهادت رسید.
شهید مصطفی خمینی از بدو شروع نهضت اسلامی همراه حضرت امام خمینی بود. ایشان اول بار در سال 1342 و پس از شروع نهضت دستگیر شد و پس از مدتی حبس، به ترکیه تبعید شد. پس از تغییر تبعیدگاه حضرت امام خمینی ایشان نیز در سال 1344 از ترکیه به عراق رفت و در شهر نجف ساکن شد. آیتالله سیدمصطفی خمینی حدود 13 سال در حوزه علمیه نجف اشرف به تدریس و تألیف و تربیت طلاب علوم دینی مشغول بود و در کنار فعالیتهای علمی خود با انقلابیون مسلمان مرتبط بود و گاه تدارک آنان از ناحیه ایشان صورت میگرفت. روحیه انقلابی وی، مشوق بسیاری از مبارزان برای فراگیری فنون نظامی و چریکی بود. بیشتر این فعالیتها نمیتوانست از نظر جاسوسان رژیم شاه به دور باشد. به همین دلیل اگر هم درگذشت این روحانی مبارز را رویدادی طبیعی بدانیم، شخصیت مبارزاتی او انعکاسی جز شهادت، آن هم به دست رژیم شاه در اذهان مردم متبادر نمیکرد. هر چند خاطرات به جای مانده از آن زمان نیز دلالت بر شهادت ایشان دارد. حجتالاسلام سید محمود دعایی دربارة آن روز میگوید: «متأسفانه در بیمارستان پزشک کشیک پس از معاینات اولیه تشخیص داد ایشان از دنیا رفتهاند. با علائمی که روی پوست بدن وجود داشت مشخص بود که مرگ طبیعی نبوده و ناشی از یک مسمومیت است.»
خانم معصومه حائری یزدی، همسر شهید حاجآقا مصطفی نیز در این باره چنین میگوید: «همان شب که حاج آقا مصطفی این طور شد، قرار بود که ساعت 12 به منزل ما میهمان بیاید. من سخت مریض بودم. آقای دعایی که همسایه ما بود برایم دکتر آورد. از طرف دیگر آقا مصطفی شبها مطالعه داشتند. آن شب ایشان گفته بود اگر میهمان آمد، من در را باز میکنم، شما بخوابید. ما دیگر نفهمیدیم که میهمانان چه موقع آمدند و کی رفتند و چه شد. صبح زود وقتی برای ایشان صبحانه میبرند میبینند آقا مصطفی نشسته ولی سرش به پایین خم شده است. فوراً رفتم بالا. دیدم دستهای آقا مصطفی بنفش است و تکههای بنفش را روی سینهاش هم دیدم. آقا مصطفی را بلافاصله به بیمارستان انتقال دادیم. وقتی خواستند از جسد او کالبد شکافی کنند، امام اجازه این کار را نداد و فرمودند عدهای بیگناه دستگیر میشوند و دستگیری اینها دیگر برای ما آقا مصطفی نمیشود. از طرف دولت بعث عراق نیز از اعلام نظر پزشکان جلوگیری شد و نگذاشتند پزشکان نظر خود را اعلام کنند. چون صد در صد مسمومیت بود، حتی پزشکان را تهدید کردند.»
سید مصطفی خمینی (آذر 1309-آبان 1356) با نام شناسنامهای سید مصطفی مصطفوی فرزند بزرگ حضرت امام خمینی بنیانگذار نظام جمهوری اسلامی و از فعالان سیاسی تا پیش از انقلاب ایران بود.
او در آذر 1309، در قم متولد شد. تحصیلات ابتدایی را در مدرسههای باقریه و سنایی به پایان رساند. در سال 1325 به تحصیل علوم اسلامی پرداخت و در سال 1330 سطح را به پایان رساند و در درس خارج میرزا حسن موسوی بجنوردی و حسین طباطبائی بروجردی حضور یافت.[4] مصطفی علاوه بر اجتهاد در فقه و اصول، در علوم معقول و منقول نیز مهارت داشت.
او دو فرزند داشت که حاصل ازدواجش با دختر آیتالله شیخ مرتضی حائری یزدی فرزند آیتالله حاج شیخ عبدالکریم حائری موسس حوزه علمیه قم بود.
از همان روزهای نخستین فعالیتهای سیاسی امام خمینی بر ضد حکومت پهلوی، در کنار او به فعالیت سیاسی پرداخت و در پیشبرد حرکت اسلامی نقش بسزایی داشت. آیتالله خمینی در روز 4 آبان 1343 علیه لایحه کاپیتولاسیون و انقلاب سفید سخنرانی کرد و چند روز بعد در 13 آبان شبانه دستگیر و به ترکیه تبعید شد.
پس از این ماجراها، نیروهای امنیتی ایران، مصطفی خمینی را دستگیر و به ترکیه و سپس عراق تبعید کردند. او در نجف به مبارزه بر ضد حکومت پهلوی پرداخت.
سید مصطفی خمینی در 1 آبان 1356 در 47 سالگی درگذشت. او از آغاز فعالیتهای سیاسی همواره مورد تهدید نیروهای امنیتی قرار داشت و با توجه به تلاش گسترده او در نهضت امام خمینی در ایران و عراق، از سوی مقامات ایرانی و عراقی شدیداً مورد تهدید قرار داشت، به همین دلیل هنگام انتشار درگذشت او، برای بسیاری از انقلابیون قابل قبول نبود که فوت وی به صورت طبیعی اتفاق افتاده باشد، علاوه بر اینکه تا آن زمان نشانی از بیماری جدی در او دیده نمیشد. گرچه از منظر امام، مصطفی امیدی برای آینده نهضت به حساب میآمد،اما ایشان در فقدان فرزندش رفتاری از خود بروز داد که بیسار صبورانه بود. ایشان در تشییع جنازه فرزندشان همانند تشییع جنازههای دیگر فقط پنج دقیقه مانده به آغاز تشییع جنازه در محل حضور یافتند و پس از حرکت دادن جنازه تا محل مشخصی جمع را همراهی کردند و سپس بازگشتند. ایشان این صبر و بردباری را در مجالس عزای برگزار شده نیز از خود نشان دادند . مراسم عزای سید مصطفی حرکتی ضد حکومت پهلوی شد.
امام بعد از شهادت فرزندش در پیامی کوتاه چنین نوشت: [11]
انا لله و انا الیه راجعون
در روز یکشنبه نهم ذی القعده الحرام 1397 مصطفی خمینی، نور بصرم و مهجه قلبم دار فانی را وداع کرد و به جوار رحمت حق تعالی رهسپار شد
اللهم ارحمه واغفر له واسکنه الجنه بحق اولیائک الطاهرین علیهم الصلوه والسلام.
نماز را سید ابوالقاسم خوئی برای مصطفی خمینی اقامه کرد و پس از تشییع، وی را در حرم علی ابن ابیطالب و در کنار قبر محمدحسین غروی اصفهانی (کمپانی)دفن کردند.
برادرت سید احمد هم مثل خودت مظلومانه ازدنیا رفتند روحتان شاد در کنار امام راحل عزیز