وی در دانشگاه الزقازیق مصر در رشته پزشکی به تحصیل پرداخت و جنبش جهاد اسلامی فلسطین را تاسیس کرد.

پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران فتحی شقاقی کتاب مشهور خود را به نام «خمینی راه حل و الترناتیو اسلامی» نوشت.

وی در فاصله سال های 1983 تا 1986 بارها در فلسطین بازداشت شد. وی پس از انتفاضه نخست فلسطین در آگوست 1988 به لبنان رفت و در  سال 1995 در مالت توسط عوامل موساد (سازمان جاسوسی رژیم صهیونیستی) به شهادت رسید.

براساس خبرهای غیررسمی که هیچگاه تایید و یا تکذیب نشد گفته می شود بنیانگذار جنبش جهاد اسلامی فلسطین قبل از شهادت شیعه شده بود.