یکی از مشکلاتی که در حال حاضر طلاب حوزه‌های علمیه استانی با آن مواجه هستند، مشکل پذیرش مدارک تحصیلی صادره از سوی مراکز حوزوی استانی در برخی از سازمان‌ها و نهاد‌ها است.
بر اساس مصوبه‌ای که شورای عالی انقلاب فرهنگی در سال ۱۳۷۴ داشته است؛ طلاب و فضلای حوزه‌های علمیه که بر اساس مدرک صادرشده توسط مدیریت حوزه علمیه قم؛ دوره سطح یک تا چهار را گذرانده‌اند، همانند فارغ‌التحصیلان دانشگاه‌ها؛ از مزایای علمی و استخدامی برخوردار می‌شوند. در سال‌های بعد؛ اختیارات مشابه‌ای به شورای سیاست‌گذاری حوزه‌های علمیه خواهران و حوزه علمیه خراسان هم داده شده است، اما در مورد صدور مدرک در مراکز حوزوی استان‌ها مصوبه‌ای مدون نشده بود.
با توجه به چالش‌های پیش آمده در پذیرش مدارک حوزه‌های علمیه استانی که در حال حاضر بر اساس مجوز شورای عالی حوزه‌های علمیه، در سطوحی مجاز به صدور مدرک هستند، تلاش شد راهکاری برای حل مشکل آن‌ها تدبیر شود.
تعدد و تکثر مراجع صدور مدارک تحصیلی در نظام آموزش عالی امری پذیرفته شده است و دانشگاه‌ها هر کدام به‌صورت مستقل بر اساس ضوابط تعیین شده توسط وزارت علوم و بهداشت مدرک معتبر صادر می‌کنند؛ لذا مشکلات مدارک صادر شده از سوی حوزه‌های علمیه استانی در جلسه ۴۱۶ شورای معین شورای عالی انقلاب فرهنگی مطرح و تصویب شد.
بر‌مبنای این مصوبه مدارکی که توسط حوزه‌های علمیه استانی و مراکز و مؤسسات حوزوی بر اساس ضوابط و شرایط صدور مدارک و مجوز شورای عالی حوزه‌های علمیه صادر شود، دارای اعتبار قانونی بوده و دارندگان آن از مزایای قانونی برخودار می‌شوند.
همچنین مصوب شد تا طلاب ایرانی شاغل به تحصیل در حوزه‌های علمیه خارج کشور مانند نجف اشرف همانند دانشجویان و محصلین شاغل به تحصیل در خارج کشور، از تسهیلات غیرارزی که در مورد نظام وظیفه و گذرنامه وجود دارد بهره‌مند شوند.