از روز اول خرداد سال ۱۳۶۸ بیماری امام خمینی به‌طور جدی آغاز شد و تیم پزشکان تصمیم گرفتند دستگاه گوارش امام را جراحی کنند. پس از عمل جراحی بیماری درمان نشد و سرانجام امام خمینی در ساعت ۲۰:۲۲ دقیقه روز شنبه سیزدهم خرداد سال ۱۳۶۸ به ملکوت اعلا پیوست.
نخستین علائم بیماری امام خمینی (ره)
دکتر سیدحسن عارفی، پزشک مخصوص حضرت امام درباره نخستین علائم بیماری ایشان نوشت: در تاریخ ۲۸/ ۲/ ۱۳۶۸ (پنج شنبه) ساعت ۷ صبح جناب آقای دکتر پورمقدس کشیک آن روز تلفنی به من اطلاع داد که در ملاقاتی که ساعت ۷ صبح با حضرت امام داشته مشخص شده که ایشان خونریزی معده داشتند. خدمت حضرت امام رسیدم و جویای حال شدم.
با ظاهر شدن علائم درد شکم و خونریزی شدید روده بزرگ در ۱۳ /۳ /۶۷ کم خونی به صورت هموگلوبین حدود ۱۲ گرم در ۱۰۰ ظاهر شد. بعد از بحث و بررسی‌ها تیم پزشکی تصمیم گرفت رادیوگرافی از روده بزرگ انجام شود خون نیز تجویز شد. به دلیل آنکه درد‌های قفسه صدری حضرت امام مکرر و نزدیک بهم بود، تیم پزشکی بررسی علت کم خونی را موکول به آینده کرد. گو اینکه علت درد‌های قلبی می‌توانست ناشی از کم خونی باشد. ولی تصمیم گرفته شد به‌طور موقت از قرص‌های آهن استفاده شود تا در آینده بررسی‌های کامل صورت گیرد.
از حضرت امام تقاضا کردم اجازه دهند آزمایش‌های فوری جهت علت خونریزی انجام دهم و ایشان پذیرفتند و نیز اجازه خواستم صبح روز بعد قبل از رفتن به حمام نیز رادیوگرافی از دستگاه گوارش انجام شود. چون خونریزی گوارشی بخصوص در سنین بالا همیشه برای ما معنی دار بوده و باید به صورت یک امر اورژانس با آن برخورد شود. از برادران دفتری و مسئول ملاقات‌های حضرت امام تقاضا کردم، ملاقات‌های خصوصی و عمومی را قطع کنند.
با هماهنگی کامل در روز ۲۹ / ۲ / ۶۸ از دستگاه گوارش حضرت امام رادیوگرافی با ماده حاجب به عمل آمد. ابتدا قرار بود از روده بزرگ که سابقه خونریزی در ۱۳ / ۳ / ۶۷ داشت انجام شود، ولی با بحث و تبادل نظر قرار شد ابتدا از مری، معده و اثناعشر رادیوگرافی انجام شود و در صورت طبیعی بودن در مرحله بعدی از روده کوچک و روده بزرگ رادیوگرافی به عمل آید. در حالی که برای رادیوگرافی از دستگاه گوارش برنامه ریزی شده بود، انجام آن برای بعضی‌ها مورد سوال بود، به نحوی که بحث مفصلی در ارتباط با ضرورت انجام و فوریت آن با بعضی‌ها داشتم و بالاخره قرار شد صبح روز ۲۹ / ۲ / ۶۸ رادیوگرافی از مری، معده و اثناعشر انجام شود.
صبح روز ۲۹ / ۲ / ۶۸ ساعت ۳۰:۷ حضرت امام به بیمارستان بقیةالله الاعظم شماره ۲ که در نزدیکی محل سکونت ایشان بود تشریف آوردند، رادیوگرافی معده ضایعاتی به صورت زخم‌های متعدد بر روی ضایعات تومورال را نشان داد. بعد از اتمام رادیوگرافی حضرت امام به محل سکونت خود تشریف بردند و ما که بیماری وخیم و خطرناکی را در معده عزیز ملتمان یافته بوده‌ایم غمگین، افسرده و تهی از انرژی هر کدام به گوشه‌ای خزیدیم تا ببینیم چگونه با این بیماری خانمان‌سوز برخورد کنیم.
بهتر آن دیدیم تا با برادر ارجمندمان جناب آقای دکتر ایرج فاضل تماس بگیریم و عقدۀ دل را با ایشان باز کنیم. دکتر فاضل در مدت کوتاهی در جماران حاضر شد. با هم تصمیم گرفتیم تا از دکتر زالی که عضو هیئت علمی دانشگاه و متخصص گوارش است دعوت کنیم برای انجام کاستروسکپی به جماران تشریف بیاورند. آقای دکتر زالی در مدت بسیار کوتاهی به جماران تشریف آوردند.
تصمیم گرفتیم همان روز (۲۹ / ۲ / ۱۳۶۸) کاستروسکپی انجام دهیم. خدمت حضرت امام رفتم و از ایشان تقاضا کردم برای انجام کاستروسکپی مجدداً به بیمارستان بقیةالله الاعظم تشریف بیاورند. حضرت امام پذیرفتند. کاستروسکپی انجام شد و وجود ضایعه تومورال (سرطانی) و زخم‌های متعدد در معده را نشان داد. بیوپسی برداشته نشد. نتیجه بررسی و تشخیص بیماری امام عزیز و نحوه درمان در جلسه‌ای که با حضور برادران تیم پزشکی در روز جمعه ۲۹ / ۲ / ۶۸ انجام شد در ذیل آمده است.
این نکته حتماً باید در این مجموعه به وضوح تذکر داده شود که کلیه تصمیمات پزشکی که از این تاریخ به بعد گرفته شده، تصمیمات تیم پزشکی بوده ولو آنکه یک یا حتی چند نفر مخالف آن تصمیم بوده باشند. بحث و گفتگو ساعت‌ها و روز‌ها انجام شده و در نهایت تصمیم نهایی برای اجرا گرفته شده است. بحث‌ها بر مبنای آخرین اطلاعات، تجربیات، مجلات و کتب پزشکی بوده است.
بیماری حضرت امام به صورت سرطان معده به برادر ارجمندمان جناب آقای سید احمد خمینی اطلاع داده شد و برای برنامه‌ریزی‌های بعدی با ایشان به صحبت نشستیم و حاج سید احمد آقا موضوع را با برادران مسئول در میان گذاشتند.
شنبه شب ۳۰ / ۲ / ۶۸ در ساعت ۱۰ شب رادیوگرافی‌های معده حضرت امام خمینی در حضور برادران تیم پزشکی برای حضرت آیت الله خامنه ای، حجت الاسلام و المسلمین هاشمی رفسنجانی، حاج سید احمد خمینی، حضرت آیت الله موسوی اردبیلی و آقای مهندس موسوی نخست وزیر وقت توضیح داده شد و نظر جمع انجام جراحی بود. در آن جلسه سوالات و جواب‌هایی رد و بدل و تصمیم گیری به عهده متخصصین گذاشته شد تا بیماری حضرت امام را از نظر‌های بیماری قلبی، سن و سرطان معده مورد بررسی قرار دهند و تصمیم گیری کنند.
به همین دلیل جلسات متعدد با حضور متخصصین مربوطه از دیدگاه‌های مختلف تشکیل شد. بالاخره نتیجه چندین جلسه طولانی آن شد که بیماری قلبی حضرت امام خمینی با اکوکاردیوگرافی جدیدی که تازه وارد ایران شده بود بررسی و توانایی قلب حضرت امام برای عمل جراحی مشخص شود. همچنین قرار شد مجدداً کاستروسکپی و بیوپسی از محل ضایعه برداشته شود.
اکوکاردیوگرافی توسط آقای دکتر ارشمیدس صنعتی عضو هیئت علمی دانشگاه علوم پزشکی تهران در صبح روز ۳۱ / ۲ / ۶۸ انجام شد. گو اینکه کاستروسکپی و نمای ضایعه تومورال حاکی از بدخیم بودن ضایعه بود، ولی تصمیم گیری نهایی (جراحی یا درمان دارویی) تشخیص آسیب شناسی ضایعه ضرورت داشت. نمونه بیوپسی توسط آقای دکتر تابئی و همکاران آقای دکتر ضیاءالدین شمسا و دیگران خوانده و تشخیص کانسر معده داده شده بود.
قابل ذکر است که قبل از آنکه تشخیص آسیب شناسی ضایعه مشخص و اعلام شود، فیلم‌های رادیوگرافی معده حضرت امام (به صورت فیلم یک شخص ناشناس) توسط برادر ارجمند و عضو هیئت علمی دانشگاه علوم پزشکی تهران آقای دکتر رادمهر خوانده شد و از روی کلیشه‌ها تشخیص لنفوم معده را مطرح کردند. (طبیب دلها، ص ۱۶۸-۱۸۰)
رحلت امام
با ارتحال امام سرتاسر ایران و همه کانون‌هایی که در جهان با نام و پیام امام خمینی آشنا بودند، عزادار شدند.
انتخاب جانشین امام
روز چهاردهم خرداد همان سال مجلس خبرگان رهبری تشکیل گردید و پس از آنکه حضرت آیت الله خامنه‌ای وصیت‌نامه امام خمینی را قرائت کرد، بحث و تبادل نظر برای تعیین جانشینی امام خمینی و رهبر انقلاب اسلامی آغاز شد. سرانجام پس از چندین ساعت حضرت آیت‌الله خامنه‌ای (رئیس جمهور وقت) به اتفاق آرا برگزیده شد.
وداع مردم با امام
وداع مردم با امام خمینی در روز و شب پانزدهم خرداد ۱۳۶۸، با حضور میلیونی مردم تهران و سوگوارانی که از شهر‌ها و روستا‌ها آمده بودند، در محل مصلی امام خمینی برگزار شد.
در نخستین ساعت بامدادِ شانزده خرداد، میلیون‌ها تن به امامت آیت‌الله العظمی گلپایگانی (ره) بر پیکر امام نماز گزاردند. مراسم تشییع امام خمینی از مصلی تا مرقد امام در جنب بهشت زهرا برگزار شد و پیکر مطهر امام خمینی به خاک سپرده شد.