آیین نامه حمایت از نخبگان که در تاریخ هفت اسفند۱۴۰۱ تصویب و توسط معاون اول رئیس جمهور به دستگاه‌های اجرایی از جمله وزارت علوم ابلاغ شده بود؛ توسط مدیرکل دفتر وزارتی و روابط عمومی این وزارتخانه برای اجرا به دانشگاه‌ها ابلاغ شد.
بر اساس ماده ۲ این آیین نامه به منظور حمایت از پژوهش‌های نخبگان و ارتقای عملکرد و تاثیرگذاری ایشان پژوهانه استفاده از خدمات شبکه آزمایشگاهی به نخبگان اعطا می‌شود که شیوه نامه نحوه اعطای پژوهان‌ای خدمات آزمایشگاهی نخبگان توسط بنیاد ملی نخبگان و وزارت علوم و وزارت بهداشت و معاونت علمی و فناوری تهیه و ابلاغ می‌شود.
همچنین بر اساس ماده ۳ آیین نامه فوق، وزارت علوم و وزارت بهداشت موظف هستند با همکاری بنیاد ملی نخبگان و در چارچوب مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی زمینه پذیرش رتبه‌های برتر آزمون کنکور سراسری را تا مقطع تحصیلی دکترا در رشته‌های گروه علوم پایه و علوم انسانی و برگزیدگان مسابقات علمی المپیاد دانش آموزی را تا مقطع تحصیلی دکترا در رشته‌های گروه علوم پایه و علوم انسانی در دانشگاه‌های برتر فراهم کنند.
اعطای رابطه علمی (بورسیه) و عضویت هیئت علمی در دانشگاه‌ها برای جذب برگزیدگان مسابقات علمی المپیاد‌های دانش آموزی در چارچوب قوانین و مقررات از دیگر مفاد این آیین نامه است.
بر اساس ماده ۴ این، آیین نامه به منظور ارتقای مشارکت نخبگان در توسعه علم و فناوری و حل چالش‌های فناورانه ملی و جذب ایشان در بنگاه‌های اقتصادی کشور طرح اشتغال هزار نخبه در سال اجرا می‌شود که در این زمینه، معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری با همکاری وزارت صنعت، معدن و تجارت و وزارت ارتباطات و فناوری اطلاعات موظف است ۱۰ طرح ملی، توسعه امیدآفرین و تحول ساز پیشران تحقیق و توسعه در حوزه فناوری‌های نوین را ارائه کند.
اولویت طرح‌های ملی شامل هوش مصنوعی، فناوری‌های نوین رقمی، (دیجیتال)، زیست فناوری و دارویی، رایانش کوانتومی، پزشکی بازساختی و امنیت غذایی مرتبط با رفع نیاز‌های کشور است.
همچنین بر اساس ماده ۵ آیین نامه با هدف استفاده از ظرفیت علمی و حرفه‌ای متخصصین و نخبگان ایرانی خارج از کشور در مراکز علمی و فناوری و صنعتی داخلی و فراهم نمودن شرایط مناسب جهت توسعه فناوری‌های نوظهور و پیشرفت در کشور، معاونت علمی فناوری ریاست جمهوری موظف است با همکاری بنیاد ملی نخبگان، برنامه جامع حمایت از همکاری و جذب نخبگان و متخصصان ایرانی خارج از کشور را با هدف جذب و همکاری سالانه ۱۰۰۰ نفر از این متخصصان طراحی نماید.
بر اساس ماده ۷، با هدف تسهیل و راه اندازی شرکت‌ها و موسسات دانش بنیان و فناور توسط نخبگان و متخصصان ایرانی داخل و خارج از کشور وزارت امور اقتصادی و دارایی از طریق دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد تجاری صنعتی و ویژه اقتصادی موظف است با همکاری معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری نسبت به کمک به ایجاد راه اندازی و تاسیس شرکت، ایجاد سرمایه‌گذاری مشترک در مناطق آزاد تجاری صنعتی و ویژه اقتصادی و پارک‌های علم و فناوری توسط نخبگان در چارچوب قوانین و مقررات مربوطه اقدام نماید و فرایند‌های سرمایه گذاری، جذب سرمایه و تسهیلات و اخذ مجوز‌های آن‌ها را تسهیل کند.
در این ماده آماده است؛ در چارچوب قانون جهش تولید مسکن مصوب ۱۴۰۰ نخبگان و سرآمدان علمی فاقد مسکن در اولویت برخورداری از مزایای این قانون می‌باشند و وزارت و شهرداری مکلف است با همکاری دانشگاه‌ها و مراکز آموزش عالی و بنیاد نخبگان زمین مورد نیاز برای تامین مسکن نخبگان و سرآمدان علمی را در چارچوب قانون جهش تولید مسکن فراهم کند.
همچنین در چارچوب مصوبات شورای پول و اعتبار نخبگان فاقد مسکن فارغ التحصیل یا دانشجویان تحصیلات تکمیلی نیز مشمول تسهیلات خرید و ساخت مسکن و همچنین تسهیلات ودیعه مسکن مشابه اعضای هیئت علمی دانشگاه‌ها می‌شوند.
در ماده ۹ که به بحث بیمه مربوط است آمده است: به‌منظور توسعه حمایت‌های بیمه‌ای از نخبگان بنیاد ملی نخبگان مجاز است از نخبگان فاقد بیمه متقاضی بهره مندی از حمایت‌های بیمه‌ای با رعایت قوانین و مقررات تا حداکثر ۷۰ درصد حق بیمه افراد مشمول در قالب کمک هزینه پوشش بیمه‌ای نخبگان حمایت نماید. امتیاز مقرر در این ماده شامل پوشش درمانی نخبگان و افراد تحت تفکر وی نیز می‌باشد.
همچنین بنیاد ملی نخبگان مجاز است نسبت به ارائه کمک هزینه حمایت از پوشش بیمه تکمیلی برای نخبگان برخوردار از بیمه‌های پایه اقدام نماید.
بر اساس ماده ۱۱ آیین‌نامه حمایت از نخبگان، وزارتین علوم و بهداشت موظف هستند با همکاری بنیاد ملی نخبگان و سازمان اداری استخدامی کشور سالانه معادل ۲۰ درصد از ظرفیت جذب اعضای هیئت علمی خود در دانشگاه و همچنین موسسات پژوهشی وابسته به دستگاه اجرایی را به نخبگان اختصاص دهند. این افراد در قالب قرارداد پیمان یک سال جذب می‌شوند و در مدت مذکور فرایند جذب مشتمل بر گزینش علمی و عمومی آن‌ها در چارچوب ضوابط معمولا انجام می‌گیرد.
در ماده ۱۲ آمده است؛ به منظور جذب و نگهداشت نخبگان، استفاده بهینه از ظرفیت علمی فناوری فارغ التحصیلان دوره‌های دکترا مورد تایید وزارت علوم و بهداشت، بنیاد علمی نخبگان و وزارت علوم بهداشت موظفند نسبت به اشتغال حداقل ۱۰۰۰ نفر از محققان پسا دکترا بر اساس آیین‌نامه مصوب شورای عالی تحقیقات علوم فناوری اقدام نمایند.
سازمان امور اداری و استخدامی موظف است با همکاری بنیاد ملی نخبگان زمینه جذب سالانه حداقل ۱۰۰۰ نفر از نخبگان کشور در دستگاه‌های اجرایی را فراهم نماید و کلیه دستگاه‌های اجرایی مشمول این آیین‌نامه موظفند به منظور شناسایی و بهره گیری از توان و ظرفیت نخبگان، سالانه ۲۰ درصد از ظرفیت استخدامی خود را در صورت وجود متقاضی به نخبگان اختصصاص دهند.