تزئیات سقف چوبی زیبایی و معنویت خاصی به این مکان‌های مذهبی بخشیده است.
مسجد قاضی مراغه در زمان ایلخانان بنا شده و محل تربیت قاضی القضات در آن زمان بوده است.
وجود کتیبه در این مسجد نشان می‌دهد مراغه خواستگاه ساخت مساجد این چنین در زمان ایلخانیان بوده است.
مسجد ملا رستم با داشتن ۴۰ ستون چوبی ویک ستون سنگی بزرگترین مسجد چوبی مراغه است.
بیشتر مساجد مراغه از جمله ریحان، سفید، ملامعزالدین، ضریر، و ملارستم باالهام از مساجد دوره‌های ایلخانی در دوره صفویه بنا شده اند.
مساجد چوبی مراغه نمای آجری ساده وشبستان‌های زیبایی دارند و سقف آن‌ها با طرح‌های گل و بوته تزئین و با رنگ‌های طبیعی رنگ آمیزی شده است.
این مساجد با معماری زیبا‌ی خود به مساجد چوبی معروفند و، چون مرواریدی موجب زیبایی معنوی شهر مراغه شده اند.
در مراغه ۱۰ مسجد چوبی تاریخی وجود دارد که از این مساجد ۷ مورد در فهر آثار ملی به ثبت رسیده اند.