مسجد حاج رجبعلی مربوط به سده ۱۳ هجری قمری از موقوفات حاج رجبعلی، کدخدای گذر درخونگاه است که در زمان خود یکی از مسجدهای اصلی تهران به شمار می‌رفت.
بر اساس کتیبه‌های نصب شده در مسجد، ساختمان مسجد در سال ۱۲۱۵ هجری قمری (۱۱۷۹ شمسی) ساخته شده است. اما آن چه از روی کتیبه‌های موجود بر کاشی‌های مسجد بر می‌آید، ساخت مسجد حوالی سال ۱۲۶۲ هجری قمری (۱۲۲۳ شمسی) شروع شده، اما به طور دقیق نمی‌توان تاریخ ساخت مسجد را با تاریخ کاشی‌کاری آن یکی دانست؛ ممکن است کاشی‌کاری‌ها چند سال بعد از ساخت مسجد کار شده باشند.
این مسجد یکی از نخستین مساجد ایران و تهران است که دارای سقف بیضی شکل و به صورت ۳ ایوانه است.
در این مسجد تا سال ۱۳۵۵ شمسی نماز برگزار می‌شد، اما پس از این سال با هدف مرمت و ساماندهی، داربست‌های چوبی در برخی از بخش‌های آن نصب شد که همچنان پابرجاست و آن را به صورت نیمه متروکه درآورده است.
مدرسه رجبعلی یکی از مشهورترین مدارس علمیه وقفی تهران بود. به دلیل اردات حاج رجبعلی به ملامحمد جعفر شریعتمداری (همسر دختر وی که پیش نماز مسجد بود)، این مسجد به همراه موقوفاتش وقف نوادگان دختری حاج رجبعلی شد، تا نسل در نسل در این مسجد نماز بگذارند. مدیریت مسجد و کلیه بنا‌های اطراف آن در حال حاضر با معتمدین محله است و تحت اجاره نود و نه ساله اهالی محله است.
این مسجد نشان‌دهنده تداوم طرح کلی مساجد صفوی در دوره قاجار است. یکی از مهم‌ترین شاخصه‌های آن نخستین سقف بیضی شکل در ایران و نخستین گنبد بیضی شکل در تهران است. ساختمان این مسجد در میان مجموعه‌ای مشتمل بر مسجد، تکیه و مدرسه قرار داشته و صحنی نسبتاً وسیع، شبستان تابستانی و زمستانی، ایوان و مدرسه زیبایی داشت که متأسفانه اکنون تنها بخشی از شبستان زمستانی و ایوان آن باقی مانده و بخش‌های دیگر به بنا‌های تجاری و مسکونی تبدیل شده است.
ایوان مدرسه و شبستان قدیمی مسجد از لحاظ سبک ساخت و اسلوب کاشی‌کاری و همچنین کتیبه خط ثلثی که بالای ایوان رفیع آن نصب شده، بسیار ارزنده است. ایوان رفیع مسجد طاقهای جانبی و تزئینات کاشی و کتیبه‌های سرتاسری دارد. مسجد دارای ۳ ایوان است، ایوان اصلی در جهت قبله قرار دارد و دو ایوان کوچکتر در شرق و غرب حیاط مرکزی واقع شده‌اند. این مسجد با قدمتی که دارد، کماکان نقطه اوجی در معماری سنتی تهران محسوب می‌شود.
برخی روایات می‌گویند استاد رستم معمار بنا را ساخته، ولی در وسط دایره کاشی ایوان، نام استادکار و تاریخ اتمام تزئینات، استاد محمد قلی شیرازی سنه ۱۲۶۲ ثبت شده است.
این مجموعه در تاریخ ۱۱ بهمن ۱۳۳۴ شمسی با شماره ثبت ۴۱۴ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
آدرس این مکان تاریخی: تهران، خیابان ۱۵ خرداد، نرسیده به خیابان خیام، کوچه اکبرنژاد، کوچه مغفوری