این در حالی است که باید به یک نکته منفی مهم هم در مورد برنج قهوه‌ای توجه داشته باشیم. در مواردی دیده می‌شود که زرد یا قهوه‌ای بودن رنگ برنج به دلیل نوع متفاوت روند تولید آن نیست. یعنی گاهی اوقات به خاطر شرایط بد انبارداری و نم زدن برنج‌ها، رطوبت هوا در کنار شرایط بد نگهداری قرار می‌گیرد و خطر آلودگی برنج به قارچ‌ها را ایجاد می‌کند.