آیت الله جنتی بارها در قم، رفسنجان و جزیره خارک مورد تهدید و تعقیب رژیم شاه قرار گرفت و چند بار در قم بازداشت شد. او سه نوبت به زندان رفت و مجموعاً سه ماه زندانی شد و یک بار هم دستگیر و به مدت سه سال به اسدآباد همدان تبعید شد.