آلاینده‌های نوپدید، زاینده‌رود را به چالش کشیده‌اند؛ این ترکیبات مختل‌کننده هورمون‌ها سلامت انسان و محیط زیست را تهدید می‌کنند اما تصفیه‌خانه‌های اصفهان برای حذف آنها طراحی نشده‌اند.
معاون حفاظت و بهره‌برداری شرکت آب منطقه‌ای اصفهان با اشاره به کاهش خروجی سد زاینده‌رود در پی سیلابی شدن رودخانه، گفت: با توجه به کدورت آب در بالادست سد، دبی پایه رعایت می‌شود.
رییس نمایندگی حفاظت محیط زیست شهرستان چادگان در غرب استان اصفهان گفت: فاضلاب خام از شهر‌ها و روستا‌های منطقه غرب و مجتمع‌های گردشگری وارد دریاچه سد یا رودخانه زاینده‌رود نمی‌شود.