منافقین در آستانه پیروزی انقلاب به کمتر از در اختیار گرفتن همه سیستم سیاسی رضایت نمی‌دادند و چند سال بعد از پیروزی انقلاب، وارد فاز مسلحانه تروریستی علیه نظام شدند.
رژیم بعث عراق در سال‌های پایانی جنگ تحمیلی علیه ملت ایران، برای ریشه‌کن کردن شورش مسلحانه کردهای عراق دست به حمله شیمیایی علیه آنها زد. حملات شیمیایی رژیم بعث نه تنها علیه شبه نظامیان کرد، بلکه علیه مناطق وسیعی از قسمت‌های مسکونی کردستان عراق به اجرا گذاشته شد.