آیت الله شاهچراغی گفت: عمل رذیلانه ترور و شهادت محسن فخری‌زاده دانشمند صنعت دفاعی ایران نشان از درماندگی دشمن است و باید با عاملان این جنایت با اشد مجازات برخورد شود.
سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی در پیامی شهادت دکتر محسن فخری‌زاده، دانشمند هسته‌ای ایران را به محضر مقام معظم رهبری (مد ظله العالی) و همه مسلمانان تسلیت گفت.
معاون وزیر خارجه سابق آمریکا با اعلام اینکه برنامه هسته‌ای ایران مدتهاست از مرحله وابستگی به افراد عبور کرده است، ترور دانشمند ایرانی را اقدامی در جهت جلوگیری از دیپلماسی توصیف کرد.
امام جمعه مسجد مکی و مدیر حوزه علمیه دارالعلوم اهل سنت زاهدان با صدور بیانیه‌ای ترور محسن فخری‌زاده را ناجوانمردانه و ظالمانه توصیف و این اقدام را به شدت محکوم کرد.
