با پیشنهاد سید احسان خاندوزی وزیر اقتصاد و موافقت رئیس جمهور، حجت الله عبدالملکی مشاور رئیس جمهور و دبیر شورای عالی مناطق آزاد تجاری-صنعتی و ویژه اقتصادی شد.

پیش از این نصرالله ابراهیمی به صورت موقت سرپرست دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد بود.

پیش از ابراهیمی، سعید محمد مسئولیت دبیرخانه را برعهده داشت.