باکو همچنان به دستگیری مقامات سابق جمهوری خودخوانده قره باغ که در حال انحلال رسمی خود است، ادامه می‌دهد. سرویس‌های امنیتی جمهوری آذربایجان سه رئیس جمهور سابق این منطقه منحله را در یک روز بازداشت و به باکو منقل کردند.

براساس گزارش رسانه‌های دولت جمهوری آذربایجان آراییک هاروتونیان که از ماه مه ۲۰۲۰ تا اول سپتامبر به‌عنوان رئیس جمهوری قره باغ فعالیت می‌کرد، توسط سرویس امنیت دولتی جمهوری آذربایجان (SSS) در قره‌باغ بازداشت شده و او را به باکو برده‌اند. در همان روز، رسانه‌ها از دستگیری دو رئیس جمهور قبلی قره باغ باکو ساهاکیان (۲۰۰۷-۲۰) و آرکادی غوکاسیان (۱۹۹۷-۲۰۰۷) و دیوید ایشخانیان، رئیس سابق پارلمان قره باغ  توسط SSS خبر دادند. سرویس امنیت باکو هنوز در مورد این چهار دستگیری گزارش شده اظهار نظر نکرده است.

ارمنستان بیش از ۳۰ سال بر قره باغ منطقه‌ای با اکثریت ارمنی که در سطح بین المللی بخشی از جمهوری آذربایجان به رسمیت شناخته شده است عملاً کنترل داشت. پس از حمله برق آسای جمهوری آذربایجان برای بازپس گیری قره باغ در ۱۹ و ۲۰ سپتامبر، در ۲۸ سپتامبر توسط آخرین رئیس جمهور آن، سامول شهرامانیان، منحل شد.

هاروتونیان در جریان جنگ دوم قره باغ در سال ۲۰۲۰، فرمانده کل نیرو‌های مسلح محلی، ارتش دفاعی قره باغ بود که در آن جمهوری آذربایجان بیشتر مناطقی را در قره باغ کوهستانی و اطراف آن که در جنگ اول در دهه ۱۹۹۰ از دست داده بود، بازپس گرفت. (در آن زمان نیروی دفاعی قره باغ و ارتش ارمنستان تا حد زیادی با یکدیگر ادغام شده بودند و با هم علیه جمهوری آذربایجان می‌جنگیدند.)

در ۴ اکتبر ۲۰۲۰، در طول جنگ دوم، هاروتونیان تأیید کرد که دستور حمله موشکی اوایل همان روز به دومین شهر بزرگ جمهوری آذربایجان، گنجه را داده است. او گفت که موشک‌ها تأسیسات نظامی را هدف قرار دادند، اما ده‌ها غیرنظامی کشته شدند.

چهار حمله موشکی بالستیک جداگانه به این شهر ۲۳ نفر را کشت و نزدیک به ۱۲۰ نفر را مجروح کرد. غیرنظامیان در شهر‌های دیگر جمهوری آذربایجان از جمله بردا، تارتار، اقدم، آغجبادی و نفتالان نیز در معرض بمباران نیرو‌های ارمنی/قره باغی قرار گرفتند. دیده بان حقوق بشر حملات به مناطق پرجمعیت را "غیرقانونی و غیرقانونی" توصیف کرد.

چند هفته بعد، جمهوری آذربایجان حکم جستجوی بین المللی برای هاروتونیان و دیگر مقامات ارمنی قره باغ صادر کرد. در ۴ اکتبر، رسانه‌های جمهوری آذربایجان الوف صفرعلی اف را به عنوان وکیل مدافع هاروتونیان معرفی کردند.

هاروتونیان و دو سلف او اولین مقامات سابق قره باغی نیستند که در بحبوحه تسلیم این منطقه و مهاجرت دسته جمعی ارامنه از قره باغ توسط جمهوری آذربایجان دستگیر می‌شوند. روبن واردانیان، میلیاردر و وزیر دولت سابق جمهوری قره باغ، بازداشت  و هم کانون در انتظار محاکمه به اتهامات مرتبط با تروریسم قرار گرفته است.

دادستانی کل جمهوری آذربایجان به رسانه‌ها گفت که داوید بابایان، وزیر امور خارجه سابق، در ۲۹ سپتامبر دستگیر شد و اکنون با ۲۵ اتهام مختلف - که عمدتاً مربوط به جدایی طلبی و تروریسم است، مواجه است. بابائیان از جمله افرادی بود که جمهوری آذربایجان در مورد بمباران گنجه تحت تعقیب قرار داده بود.