رئیس مرکز ارتباطات و اطلاع رسانی معاونت علمی فناوری و اقتصاد دانش بنیان ریاست جمهوری با تاکید بر این که هیچ گونه ارتباط سازمانی بین رصدخانه مهاجرت ایران و معاونت علمی وجود ندارد اظهار داشت: ادعای قطع بودجه رصدخانه در حالی مطرح شده که معاونت علمی خردادماه امسال موافقت نامه جدیدی با رصدخانه امضا کرده و تنها از ابتدای سال جاری تاکنون، بالغ بر یک میلیارد و ۹۰۰ میلیون تومان از سوی معاونت علمی به رصدخانه پرداخت شده است.

محمد خاکساری با اشاره به نشست برگزار شده در محل روزنامه اطلاعات در روز ۹ مرداد ۱۴۰۲ با عنوان «واکاوی موضوع مهاجرت نخبگان» و ارائه برخی مطالب بی اساس از زبان مدیر رصدخانه مهاجرت ایران همچون برخورد با رصدخانه یا صدور حکم تخلیه ساختمان آن، قطع بودجه و مواردی از این دست اظهار داشت: اساسا رصدخانه مهاجرت ایران یک مرکز تحقیقاتی در مجاورت دانشگاه صنعتی شریف است که توسط اندیشکده سیاستگذاری شریف پایه گذاری شده و ذیل آن مشغول به فعالیت است. معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان ریاست جمهوری نیز بنا بر رسالت ذاتی خود در حمایت از تیم‌های فناور و اندیشه‌ورز، در سال‌های گذشته برنامه‌های رصدخانه را مورد حمایت خود قرار داده است. در حقیقت هیچ ارتباط سازمانی میان معاونت علمی با این رصدخانه وجود ندارد و این مجموعه یکی از صد‌ها مجموعه‌ای است که هر سال در زیست بوم دانش بنیان از حمایت‌های مادی، مالی و معنوی معاونت علمی در راستای توسعه علمی کشور استفاده می‌کنند. 

به گفته وی، ادعای قطع بودجه و حمایت‌های مالی معاونت علمی از این نهاد پژوهشی در حالی مطرح می‌شود که رویکرد معاونت علمی و فناوری از گذشته تاکنون حمایت از رصدخانه بوده و هست به‌طوری که از ابتدای سال تاکنون جمعا مبلغ یک میلیارد و ۹۰۰ میلیون تومان بنا بر اسناد ذیل به این نهاد واریز شده است.