آیت الله سیستانی در این دیدار ضمن تذکر و یادآوری تاریخ معنوی و مذهبی شهر مقدس قم، توصیه‌هایی در خصوص حفظ و ارتقای ابعاد عبادی و معنوی قم داشته و بر صیانت از جایگاه و شئون روحانیت تأکید کرد.

این مرجع معظم تقلید جهان تشیع ارتباط قوی روحانیت و مردم را بسیار مهم و گسترش و تعمیق آن را ضروری دانستند.

آیت الله اعرافی در ابتدای این ملاقات از توجه و اهتمام معظم‌له نسبت به مسائل حوزوی و برخی از طرح‌های کلان دفتر ایشان در قم، از جمله تأسیس کتابخانه جامع تخصصی، ساخت بیمارستان فوق تخصصی و خدمات درمانی به مردم و طلاب حوزه علمیه شهر مقدس قم قدردانی و تشکر نمودند.

مدیر حوزه‌های علمیه آمار‌ها و گزارش‌هایی از طلاب، اساتید، مراکز و موسسات حوزوی و دروس سطوح عالی ارائه کردند.

برپایی کرسی دروس خارج در استان ها، کتاب‌ها و تحقیقات فقه معاصر و ورود در برخی از عرصه‌ها و رشته‌های جدید مورد نیاز جامعه و کشور و عرصه بین الملل از جمله مواردی بود که آیت الله اعرافی در گزارش خود به آن اشاره کرد.