متن حکم رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
«بسم الله الرحمن الرحیم
با سپری شدن بیش از شش سال از تشکیل شورای عالی مدیریت حوزه علمیه‌ی مشهد مقدس که در شمار برترین مراکز علمی جهان تشیع است، اکنون با تشکر از کلیه‌ی اعضاء محترم که در این مدت خدمات خالصانه‌ئی به آن حوزه‌ی محترم تقدیم کردند، آغاز دوره‌ی جدید را با این خصوصیات ابلاغ می‌نماید:
۱- عضویت حضرات حجج اسلام: آقای حاج شیخ مهدی مروارید، آقای حاج شیخ محمّد مروارید، آقای حاج شیخ محمّد باقر فرزانه، آقای حاج سیّد مصباح عاملی، آقای حاج شیخ محمّد جواد نظافت یزدی، نماینده‌ی اینجانب در استان خراسان رضوی، تولیت آستان قدس رضوی، مدیر حوزه و دبیر شورا در صورت انتخاب از بیرون جمع مذکور.
۲- مدت این مسئولیت پنج سال است.
۳- تعیین دبیر شورای عالی و نیز مدیر حوزه‌ی علمیه بر عهده‌ی جمع محترم مزبور است.

از خداوند متعال توفیقات حضرات آقایان را مسألت می‌کنم.
سیّد علی خامنه‌ای
۲۴ مهر ۱۴۰۱ »