بنا به تصریح ماده ۹ آیین نامه داخلی شورای عالی حوزه‌های علمیه، دبیر اول و دوم این نهاد عالی حوزوی هر دو سال یک بار، به واسطه رأی مستقیم اعضای شورای هفت نفره آن، انتخاب می‌شوند. همچنین به تصریح ماده ۲۵ آیین نامه مذکور، مدیر حوزه‌های علمیه سراسر کشور نیز، برای بازه زمانی دو ساله، توسط اعضای این شورا انتخاب می‌شود.

بر اساس این گزارش در جلسه شورای عالی حوزه‌های علمیه که در محل جامعه مدرسین حوزه علمیه قم برگزار شد، آیت الله سید هاشم حسینی بوشهری به عنوان دبیر شورای عالی حوزه‌های علمیه، آیت الله جواد مروی به عنوان دبیر دوم این شورا و آیت الله علیرضا اعرافی به عنوان مدیر حوزه‌های علمیه سراسر کشور، به مدت دو سال دیگر انتخاب شدند.

در این جلسه همچنین حجت الاسلام و المسلمین حسین رحیمیان به عنوان مسئول دبیرخانه شورای عالی حوزه‌های علمیه، به مدت دو سال دیگر انتخاب شد.

شایان ذکر است: آیت الله سید هاشم حسینی بوشهری از سال ۱۳۹۷ عهده دار دبیری شورای عالی حوزه‌های علمیه می‌باشد و آیت الله اعرافی نیز از سال ۱۳۹۵ مدیریت حوزه‌های علمیه سراسر کشور را برعهده دارد.