با وجود تلاش‌هایی که تاکنون برای کشف منشاء همه‌گیری طاعون سیاه انجام شده بود، کمبود اطلاعات از دستیابی به یک پاسخ مشخص جلوگیری می‌کرد. اخیرا گروهی از پژوهشگران بین‌المللی گرد هم آمدند و صحبت‌های جدیدی را مطرح کرده اند.

در اواخر دهه ۱۳۳۰ میلادی آمار مرگ و میر در دو قبرستان در نزدیکی دریاچه ایسیک‌کول در شمال قرقیزستان امروزی به شکل ناگهانی افزایش یافته بود.

از میان ۴۶۷ سنگ قبر مربوط به بازه زمانی سال‌های ۱۲۴۸ تا ۱۳۴۵، افزایش قابل توجهی در نرخ مرگ و میر در سال‌های ۱۳۳۸ تا ۱۳۳۹ دیده می‌شود و ۱۱۸ سنگ قبر مربوط به این یک سال بوده است. روی برخی از این سنگ‌ها علت مرگ mawtānā ذکر شده که در زبان سریانی به معنای طاعون است.

طالعات بیشتر نشان داد که این دو قبرستان در اواخر دهه ۱۸۸۰ مورد کاوش قرار گرفته و حدود ۳۰ اسکلت از مقبره‌ها خارج شده است. محققان با بررسی یادداشت‌های مربوط به این کاوش‌ها توانستند باقی‌مانده برخی از این گور‌ها را پیدا کنند و دریابند که کدام اسکلت متعلق به کدام قبر بوده است.

این تحقیقات سپس به متخصصان DNA از دانشگاه توبینگن آلمان سپرده شد. آن‌ها مواد ژنتیکی دندان‌های هفت نفر از افراد دفن‌شده در این قبرستان را به دست آوردند و متوجه شدند که DNA سه نفر به باکتری یرسینیا پستیس (Yersinia pestis)، عامل طاعون خیارکی آلوده بوده است.

بررسی‌های بعدی ژنوم این باکتری نشان داد که یرسینیا پستیس جد مستقیم گونه‌ای است که هشت سال بعد طاعون سیاه را در اروپا به وجود آورد. نزدیک‌ترین نمونه زنده به این باکتری در جوندگان همان منطقه یافت می‌شود. اگرچه هنوز هم نمونه‌هایی از ابتلا به طاعون خیارکی وجود دارد، ولی بهداشت بهتر و ارتباط کمتر با موش‌ها باعث شده همه‌گیری‌های بیشتری در این زمینه نداشته باشیم.