حادثه حمله به مدرسه فیضیه یکی از نقاط عطف انقلاب اسلامی است، بر خلاف تصور شاه که می‌پنداشت سبب سرکوبی روحانیت و قیام مردم می‌شود، عامل تثبیت تفکر سیاسی امام خمینی (ره) در جامعه گردید.

پس از ارتحال آیت‌الله بروجردی از مراجع تقلید شیعه در فروردین ۱۳۴۰، رژیم شاه دنبال اجرای برنامه‌هایی مانند انتقال مرجعیت شیعه به خارج از ایران، پیگیری طرح اصلاحات ارضی، طرح ضد اسلامی تصویبنامه انجمن‌های ایالتی و ولایتی وانقلاب سفید در فاصله سال‌های ۴۰ و ۴۲ بود.

لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی در تاریخ ۱۶ مهر ۱۳۴۱ به تصویب کابینه اسداله علم رسید، به موجب این مصوبه که در غیاب مجلس، حکم قانون را داشت، به زنان حق رأی داده می‌شد و همچنین شرط مسلمان بودن و سوگند به قرآن مجید از شرایط انتخاب شوندگان حذف شد.

برخی می‌گویند، شاه در پوشش تصویب این لوایح اهداف متفاوتی را دنبال می‌کرد. او می‌خواست علاوه بر سنجش میزان حساسیت علما و توان مذهبی مردم، روحانیت و جریان مذهبی را در یک زورآزمایی کنار بزند تا مجبور به محافظه کاری در برابر آن‌ها نباشد، به همین منظور مطبوعات رسمی کشور با تیتر‌های درشت به انعکاس تصویب این لوایح و اخبار مربوط به آن پرداختنداین تصویب‌نامه اعتراض علما و مردم مسلمان ایران را برانگیخت. آیت الله خمینی علمای طراز اوّل قم را به نشست‌ها و گفتگو‌های متعدد برای لغو این تصویب‌نامه فراخواند، وی با تشریح نقشه‌های استعمار و توطئه‌های آن‌ها مسئولیت علما را در قبال صیانت از اسلام و استقلال کشور یادآور شد و مقرر شد با ارسال تلگراف‌هایی به شاه، لغو فوری تصویب نامهٔ مذکور درخواست شود.

مخالفت بسیاری از مراجع و روحانیان در مقابل آن طرح‌ها و گسترش دامنه اعتراضات مردمی کارگزاران نظام شاهنشاهی را در بر آن داشت تا یک ماه و نیم پس از آغاز ماجرا، عقب نشینی کنند و سرانجام رژیم شاه تن به شکست داد ودر ۷ آذر ۱۳۴۱ امیراسدالله علم نخست‌وزیر وقت در تلگرافی به علمای قم، لغو مصوبه انجمن‌های ایالتی و ولایتی را اعلام کرد.

در ماه‌های پایانی سال ۱۳۴۱ شاه تصمیم گرفت اصولی را که از طرف هیئت حاکمه جدید امریکا در قالب اصلاحات به او دیکته شده بود به رفراندوم بگذارد و در نهایت تصویب شد.

امام راحل ربه دنبال سخنرانی‌های خود در مخالفت با رفراندوم شاه، اعلامیه‌ای در این رابطه در تاریخ اول بهمن ۱۳۴۱ صادر کردند. در این اعلامیه آمده است: هرچند میل نداشتم مطلب به اظهار نظر برسد، لهذا مصالح و مفاسد رابه شاه تذکر دادم و انجام وظیفه نمودم و مقبول واقع نشد. اینک باید به تکلیف شرعی عمل کنم.

با انتشار اعلامیه امام، نگرانی رژیم افزایش یافت و در نتیجه ساواک طی بخشنامه‌ای در بهمن ماه سال ۴۱ دستور سرکوبی انقلابیون و آمادگی کامل را به نیرو‌های نظامی و انتظامی صادر کرد.

تشدید سرکوب و افزایش خفقان، جنگ علنی تبلیغاتی علیه روحانیان، اظهارات صریح کارگزاران مبنی بر ادامه سیاست‌های اعلام شده، موجب ادامه اقدامات روحانیان در مخالفت با رژیم شاه بود.

هم‌زمانی عید نوروز و سالگرد شهادت امام صادق (ع) و همچنین تحریم عید فرصت مناسبی بود تا مردم و روحانیان با بهره‌گیری از اجتماعات درباره مشکلات و وضعیت جاری کشور روشنگری کنند.

عصر روز دوم فروردین مجلس سوگواری در مدرسه فیضیه از سوی آیت‌الله گلپایگانی برگزار شد. عده زیادی از قشر‌های مختلف در مجلس مزبورحاضر شدند. اطراف مدرسه و میدان آستانه از مأموران انتظامی موج می‌زد و مدرسه در محاصره آنان قرار داشت.

در این مجلس یکی از روحانیان در ضرورت حفظ ارزش‌های اسلامی و تعالیم این آئین مقدس سخن می‌گفت و از حوزه علمیه به عنوان دانشگاه امام صادق (ع) یاد کرد.

در بین سخنرانی یکباره عمال رژیم، همان‌ها که دسته دسته با اتوبوس‌های دولتی به قم آورده شده بودند، وارد شدند و شرکت کنندگان در مراسم را مورد حمله قرار دادند.

در این حال، نیرو‌های ضد شورش پس از رساندن خود به پشت بام‌های اطراف به تیراندازی به طرف روحانیان پرداختند و تعدادی از طلاب را نیز از پشت بام‌ها به زمین پرتاب کردند.

مردم در بیرون از مدرسه وقتی متوجه جنایات عمال رژیم شدند، تصمیم به ورود به مدرسه و یاری طلاب گرفتند، اما مأموران آنان را نیز مضروب کردند. چون هنوز مدرسه فیضیه، قهرمانانه مقاومت می‌کرد، یورشی دیگر آغاز شد و مأموران رژیم، وارد حجره‌های طلاب شده و پس از نابود کردن تمام کتاب ها، اسباب و اثاثیه به جان طلابی که در اتاق‌ها سنگر گرفته بودند، افتادند.

پس از مدتی با بستن درِ مدرسه، طلاب به شکل تحقیرآمیزی به داخل شبستان برده شدند. سپس کتاب‌ها و مقداری از اثاثیه و لوازم طلاب ساکن حجره‌های فیضیه را به وسط حیاط آوردند و آتش زدند. در بین وسایلی که به آتش کشیده شد علاوه بر کتب درسی، قرآن و مفاتیح و کتب ادعیه نیز به چشم می‌خورد.

فردای آن روز نیز ماموران مخفی رژیم دوباره به مدرسه هجوم آوردند و بعد از مجروح ساختن شمار دیگری از طلاب و تخریب قسمت‌های دیگری از مدرسه به طرفداری از شاه و رژیم شعار دادند و نسبت به مراجع و علما اهانت کردند.

حجت الاسلام والمسلمین سیدرضا اکرمی، عضو شورای مرکزی جامعه روحانیت که خود در حادثه مدرسه فیضیه حضور داشت، دراین باره گفت: حادثه دوم فروردین سال ۴۲، مشت رژیم شاه باز و رسوا شد و همین حادثه زمینه را برای قیام ۱۵ خرداد ۴۲ فراهم کرد.