رئیس اداره میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری اردستان گفت: مسجد جامع اردستان در دوره صفویه به یک مجموعه کامل شهری شامل مسجد، آب انبار، حسینیه، کاروانسرا، بازار، مدرسه علمیه و حمام تبدیل شده بود، پرونده مسجد جامع اردستان برای ثبت جهانی در قالب مجموعه مساجد ایران در حال تهیه و تدوین است.

مهدی مشهدی می گوید: برای حفظ این بنا، ۵۰۰ متر مربع از پشت بام، آجرفرش و بندکشی‌های فرسوده‌ی کل ایوان‌ها هم مرمت شده است.

 بر اساس مطالعات باستان شناسی، چهار لایه تاریخی در این بنا مشخص شده که این لایه‌ها به ترتیب مربوط به دوره‌های ساسانیان، آل بویه، سلوجقیان و صفویه است.

وجود  سازه‌های آجری در کف مجموعه این اثر تاریخی باعث دفع رطوب از آن و خشک ماندن ستون‌ها می‌شود.

عماد آل غفور، دوستدار میراث فرهنگی گفت: این گنبد با ارتفاعی ۲۰ متری، شامل ۴ ستون، ۸ گوشه و ۱۶ گوشواره است که برای دفع برودت هوا، مقاومت در برابر زلزله و بارندگی‌های شدید به صورت دوپوسته ساخته شده است.

در کتیبه‌ای که در زیر گنبد این مسجد قرار گرفته، تاریخ ساخت، نام بانی و معمار مسجد ذکر شده است.