پساب تصفیه فاضلاب شهرك صنعتی شكوهیه قم به دلیل حجم ورودی زیاد به این تصفیه خانه، موجب بروز معضلاتی زیست محیطی و بهداشتی از جمله انتشار بوی نامطلوب، خشک شدن پوشش گیاهی منطقه و آلوده نمودن منابع زیرزمینی آبی به دلیل وجود آلاینده های صنعتی در نواحی پایین دست و در مسیر رسیدن به قمرود شده است.
این شرایط در حالی است که کمتر از ۳۰۰ واحد صنعتی از بین هزار و ۳۰۰ واحد مستقر در شهرک شکوهیه قم به این تصفیه خانه متصل هستند و از این پساب هم استفاده بهینه ای نمی شود.