بعد از آن، اعضای این گروه برای عمل به مفاد عهدنامه و به منظور خودسازی، روزه می‌گرفتند و به انجام عباداتشان متعهد بودند. این گروه برای انجام نبردهای چریکی، یک سری از ورزش‌ها و آمادگی‌های جسمانی را در برنامه‌های روزانه خود قرار داده بودند تا در ابعاد جسمانی و روحانی افرادی خود ساخته شوند. در سال ۱۳۵۱ این تشکل به وسیله عوامل نفوذی از سوی رژیم منحوس پهلوی شناسایی شد و شهید جهان‌آرا، به همراه سایر اعضای آن دستگیر گردیدند. پس از مدتی شکنجه و بازجویی در ساواک خرمشهر، سید محمد به علت سن کم به یکسال زندان محکوم و به زندان اهواز منتقل گردید. مدتی که در زندان بود در مقابل شدید‌ترین شکنجه‌ها مقاومت می‌کرد، به همین جهت دوستانش همیشه از طرف او خاطر جمع بودند که هرگز اسرار و اطلاعات را فاش نخواهد کرد.

با پیروزی انقلاب اسلامی در بیست و دوم بهمن ۱۳۵۷ سید محمد پس از دو سال و نیم زندگی مخفی به خرمشهر باز می‌گردد. تشکیل کانون فرهنگی نظامی خرمشهر به منظور حراست از دست‌آوردهای فرهنگی، سیاسی انقلاب اسلامی و تلاش در جهت تعمیق و گسترش آن‌ها و جلوگیری از تحقق توطئه‌های عوامل بیگانه، که با طرح مساله قومیت و ملیت سعی در ایجاد انحراف در ادامه مبارزه و مسیر انقلاب داشتند.

شهید جهان‌آرا همراه عده‌ای از یاران خویش کانون فرهنگی نظامی انقلابیون خرمشهر را تشکیل داد تا با بسیج مردم و نیروهای جوان و تشکل حرکت سیاسیشان، آنان را در دفاع از انقلاب و مقابله با توطئه‌های دشمنان آماده نماید. شهید جهان‌آرا خود مسئولیت شاخه نظامی کانون را عهده‌دار گردید و با توجه به تجربیات و آگاهی‌های نظامی، به آموزش برادران و سازماندهی آنان پرداخت و با عنایت به اطلاعاتی که از جنگ چریکی و شهری داشت، شهر را به چندین منطقه تقسیم کرد و مسئولیت حفاظت از هر منطقه را به عهده تیمهای مشخص نظامی گذارد که شاخه نظامی کانون به عنوان واحد اجرایی دادگاه انقلاب عمل می‌کرد. کانون توانست به یاری دادگاه انقلاب، عده‌ای از عمال حکومت نظامی و برخی از سرمایه‌داران بزرگ را، که عوامل مزدور بیگانه توسط آنان کمک مالی می‌شدند، دستگیر و به مجازات برساند.

شهید جهان‌آرا در شکل‌گیری سپاه خرمشهر نقش فعال و اساسی داشت و ابتدا مدتی مسئولیت واحد عملیات را به عهده گرفت. در آن زمان با توجه به ضعف عملکرد دولت موقت در تامین خواسته‌های طبیعی و اولیه مردم محروم منطقه، گروهکهای چپ و راست تلاش داشتند تا با طرح ضعفهای ناشی از حکومت ستمشاهی، نظام و کل حاکمیت آن را زیر سئوال برده و مردم را نسبت به انقلاب و رهبری آن بدبین و به مقابله با آن بکشانند.

جریان منحرف و وابسته خلق عرب نیز به عنوان یکی از ابزارهای استکبار جهانی، در منطقه قد علم کرده بود تا برای اشاعه اهداف استکبار، با پشتیبانی حزب بعث عراق، اعلام موجودیت نماید و عملاً با طرح اختلاف شیعه و سنی، ‌ برای تجزیه خوزستان و رویارویی همه جانبه با نظام جمهوری اسلامی ایران برخیزد. شهید جهان‌آرا در این شرایط به فرماندهی سپاه خرمشهر منصوب شد. شهید جهان‌آرا با به کارگیری پاسدارن انقلاب و همکاری مردم، این آشوب را سرکوب و با عناصر فرصت‌طلب قاطعانه برخورد کرد و به لطف خدای تبارک و تعالی بساط این گروهک ضدانقلابی برچیده شد.