تيمسار سرلشكر محمدولی قرنی اولين رئيس ستاد مشترك ارتش جمهوری اسلامی ايران در ششم فروردين 1358 به دستور مهندس بازرگان نخست‌وزير، بركنار شد. دليل عزل نيز قاطعيت وی در برخورد با ضدانقلاب در كردستان بود. عدم تمكين دستورات وزير كشور، يكي از علل بركناری قرنی بود. وی در مبارزه با تجزيه‌طلبان كردستان، خود را مطيع امام خمينی خواند و اظهار داشت فقط از او دستور می‌گيرد.

سرسختي قرنی در مقابل فتنه‌گران ضدانقلاب در كردستان اتهام اصلی وی بود. اما گروهک فرقان به عنوان نماد زور او را ترور كرد و به گروه‌های ضدانقلاب كه دائماً در نشريات خود، قرنی را سرزنش می‌كردند، آرامش بخشيد. ظهر روز دوشنبه سوم ارديبهشت 1358 سرلشكر قرنی در مقابل منزل مسكونی خويش در خيابان ولی‌عصر(عج) از ناحيه شكم مورد هدف گلوله قرار گرفت. او را به بيمارستان منتقل كردند و معالجات مؤثر واقع نشد و به شهادت رسيد.

ساعت 10:40 دقيقه شب كه استاد مطهری از خانه دكتر سحابی در يكی از كوچه‌های خيابان فخرآباد، خارج می‌شد، مورد اصابت گلوله قرار گرفت و به بيمارستان منتقل شد. همزمان با انتقال ايشان به بيمارستان، گروهی از وزرای دولت موقت خود را به بيمارستان رساندند كه به دليل شهادت استاد مطهری موفق به عيادت ايشان نشدند.

سومين اقدام تروريستی گروهك فرقان، ترور آیت‌‍الله هاشمی رفسنجانی بود. روز جمعه سوم خرداد 58 سه تن از اعضای گروه فرقان به اين بهانه كه حامل نامه‌ای از آقای ناطق نوری برای آقای هاشمی هستند، به راحتی وارد منزل وی شدند. در ماه‌های نخست پس از پيروزی انقلاب اسلامي، محافظت از شخصيت‌ها بسيار جدی گرفته نمی‌شد. به هنگام دادن نامه، آیت‌الله هاشمی متوجه اعلاميه زردرنگ فرقان شد و با آنها گلاويز شد.

فرقانی‌ها اقدام به شليك كردند كه با بالا گرفتن سر و صدا، خانم عفت مرعشی همسر آیت‌الله هاشمی وارد اتاق پذيرايی شد. با مشاهده صحنه، وی به سوی تروريست‌ها حمله كرد و تير آنها به كف اتاق اصابت كرد. آقای هاشمی با تروريست‌ ديگر درگير شد كه مورد اصابت دو گلوله قرار گرفت. تروريست‌ها اقدام به فرار كردند و صحنه را ترك كردند. همانند ترور شهيد مطهری، فرد ناشناسی به روزنامه اطلاعات زنگ زد و گروه فرقان را مسئول ترور خواند.

آیت‌الله هاشمی سريعاً به بيمارستان شهدای تجريش منتقل شد و رهبر معظم انقلاب،‌ آیت‌الله طالقانی، شهید مفتح، مهندس بازرگان، هادی غفاری، ابوالحسن بنی‌صدر، مهدی شاه‌آبادی و مصطفی ملكی سریعا خود را به بيمارستان رساندند. با عمل جراحی موفقيت‌آميز، آیت‌الله هاشمی رفسنجانی توانست روز سه‌شنبه 8 خرداد بر روی تخت بيمارستان مصاحبه مطبوعاتی و راديو و تلويزيونی انجام دهد. وی اظهار داشت كه اين حادثه برای او غيرمنتظره نبوده و چندين بار تلفنی تهديد شده است و از اين حادثه هيچ نگران نيست.

امام اين بار به دستگاه‌هاي اطلاعاتی و امنيتی كشور هشدار دادند و فرمودند: «پاسداران انقلاب و رؤسای آنان موظفند از اين شخصيت‌های ارزنده انقلابی حفاظت كنند و رفت و آمدهای مشكوك را تحت نظر بگيرند. اگر چه خود آنان راضي نباشند.»

بر اساس اظهارات اكبر گودرزی، سرکرده گروه فرقان، طرح ترور حاج‌مهدی عراقی از سوی وی و محمد متحدی مسئول نظامی مطرح شد. حسين مهديان كه صبح‌ها همراه حاج‌مهدی عراقي به مؤسسه كيهان می‌رفت در طرح ترور قرار داشت و او نيز بايد زده می‌شد، زيرا در تحليل انحرافی فرقانی‌ها هر دو جزو جبهه زر به شمار می‌آمدند. اكبر گودرزی اين دو خادم انقلاب را به عنوان مرتبطين با سرمايه‌داران بزرگ معرفی می‌كند.

گروه فرقان روز 4 شهريور 1358 در ساعت 7 صبح و در خيابان زمرد كه خانه حاج‌حسين مهديان در آن قرار داشت، اقدام به ترور كرد. حاج‌مهدی عراقی از مبارزين قديمی و عضو هيأت‌های مؤتلفه اسلامی بود كه مدير مالی مؤسسه كيهان و حسين مهديان مدير مؤسسه كيهان بود. تروريست‌ها با اسلحه يوزی اتومبيل پيكان حامل اين دو خدمتگزار را مورد هدف قرار دادند. حاج‌مهدی عراقی در اثر گلوله‌ای كه به گردن او اصابت كرد، شهيد شد و مردم دو مجروح ديگر يعنی حسام عراقی فرزند مهدی عراقي و حسين مهديان را به بيمارستان ايران‌مهر قلهك انتقال دادند که حسام عراقی در بين راه به خيل شهدا پيوست، ولی حسين مهديان تحت عمل جراحی قرار گرفت و ادامه حيات يافت. 

يكي ديگر از ترورهای مهم گروهك فرقان، به شهادت رساندن آيت‌الله قاضی طباطبايی امام جمعه تبريز است، آيت‌الله سيدمحمدعلی قاضی طباطبايی از شاگردان قديمی و ممتاز امام خمينی بود كه با آغاز نهضت اسلامی در رأس علمای مخالف حكومت پهلوی در آذربايجان قرار گرفت. او كه لقب «خمينی آذربايجان» گرفت، مغضوب دشمنان انقلاب اسلامی واقع شد. مبارزات دامنه‌دار و پی‌گير اين مرد بزرگ از نيمه دوم سال 1341 با مخالفت عليه تصويب انجمن‌های ايالتی و ولايتی آغاز شد و تا لحظه شهادت در 10 آبان 1358 تداوم داشت.

بدون ترديد ميان جريان قدرتمند و مخالف قاضی در تبريز و گروه فرقان ارتباطی وجود داشت، زيرا شهيد قاضی از معدود افرادی بود كه در شهری غير از تهران به شهادت رسيد. يكی از نزديكان آيت‌الله قاضی به وی گفته بود از شايعات شهر چنين استنباط می‌شود كه خطر جدی شما را تهديد می‌كند؛ اجازه بدهيد اتومبيلتان را به شيشه ضدگلوله مجهز كنيم. آيت‌الله قاضی وقتی از هزينه زياد آن مطلع شدند، فرمودند پول آن را به صندوق مستضعفان واريز كنيد.

همچون ترورهای قبلی، محمد متحدی مسئول شاخه نظامی فرقان؛ طراح ترور بود و ضارب مسعود تقی‌زاده نام داشت. هنگامی كه آيت‌الله قاضی طباطبايی پس از پايان نماز مغرب و عشا در مسجد شعبان تبريز راهی منزل بود، مسعود تقی‌زاده ضمن نزديك شدن به اتومبيل او را هدف قرار داد. او در اعترافات خود می‌گويد: من نزديك شده و با شليك سه گلوله به آن طرف خيابان كه مهدی با موتور منتظرم بودم رفتم. بعد از سوار شدن من، از سوی محافظ وی چند تير شليك شد كه به دليل تاريكی و دوری فاصله هيچ‌كدام اصابت نكرد.

دو گلوله به آيت‌الله قاضی اصابت كرد كه يكي به سر و ديگری به شانه ایشان خورد. وی را به بيمارستان شير و خورشيد تبريز منتقل كردند، اما تلاش پزشكان بی‌نتيجه ماند و وی به شهادت رسيد. روز جمعه 11 آبان با حضور جمعيتی نزديك به 2 ميليون نفر، جنازه مطهر آيت‌الله قاضی تشييع شد و در مسجد مقبره در كنار اجدادش به خاك سپرده شد. آيت‌الله شهيد سيداسدالله مدنی بر پيكر این شهید نماز خواند.

گروه فرقان ساعت 9 صبح روز 27 آذر 1358، دكتر مفتح را در مقابل دانشكده الهيات و معارف اسلامی دانشگاه تهران مورد حمله قرار داد. كمال ياسينی، محمود كشانی، محمد نوری و حسن نوری از اعضای گروه فرقان در اين عمليات شركت داشتند. به دليل قرار دادن تيم حفاظتی برای شخصيت‌ها، فرقانی‌ها نيز با تعداد بيشتری در اين عمليات ترور شركت كردند. با وجود اين تيم حفاظت از دكتر مفتح همچنان كم‌تعداد و در حد ابتدايی بود و فاقد تجربه لازم در امر حفاظت بودند.

ابتدا دكتر مفتح از ناحيه پا مجروح گرديد و خود را به داخل راهروی دانشكده رسانيد. دانشجويان حاضر در دانشكده كه تاكنون با چنين صحنه‌هايی روبرو نشده بود، وحشت‌زده فقط ناظر بر صحنه ترور بودند. مسئول ترور خود را بالای سر دكتر مفتح رساند و در كمال خونسردی، سر او را هدف قرار داد. بعد از اين عمليات، كمال ياسينی به همراه ديگران صحنه را ترك كردند. پيكر بی‌جان استاد مفتح توسط دانشجويان به بيمارستان منتقل شد اما او نيز به شهادت رسيد. دو تن از پاسداران همراه وی به نام‌های جواد بهمنی و اصغر همتی نيز در اثر دفاع از دكتر مفتح و حمله تروريست‌ها به شهادت رسيدند.

ششم تیرماه سال 60 بود. چهار پنج روز از عزل بنی‌صدر می‌گذشت. جنگ با عراق و شورش منافقین بعد از اعلام جنگ مسلحانه با جمهوری اسلامی، بحث داغ محافل بود. آیت‌الله خامنه‌ای که از جبهه‌ها برگشته و خدمت امام رسیده بودند، بعد از دیدار، طبق برنامه‌ شنبه‌ها، عازم یکی از مساجد جنوب‌شهر برای سخنرانی بودند.

نماز ظهر تمام شد. رهبری معظم انقلاب رفتند پشت تریبون. نمازگزاران همان‌طور منظم در صفوف نماز نشسته بودند. پرسش‌های نوشته‌ی مردم را به سخنران می‌دادند، اگرچه بعضی از پرسش‌ها تند و حتی گاهی بی‌ربط بود. ایشان در سخنرانی مقدمه‌ای ‌چیدند تا به این‌جا ‌رسیدند که: امروز شایعات فراوانی بین مردم پخش شده و من می‌خواهم به بخشی از آن‌ها پاسخ بدهم.

بین جمعیت ضبط صوتی دست به دست شد تا رسید به جوانی با قد متوسط و موهای فر و کت و پیراهن چهارخانه و صورتی با ته‌ریش مختصر که آن روزها کلیشه‌ چهره‌ و تیپ خیلی از جوان‌ها بود. خودش را رساند به تریبون. ضبط را گذاشت روی تریبون؛ درست مقابل قلب سخنران. دستش را گذاشت روی دکمه‌ی Play. شاسی تق تق صدا کرد و روشن نشد؛ مثل حالت پایان نوار، اما او رفت.

یك دقیقه نگذشت که بلندگو شروع کرد به سوت کشیدن. رهبری انقلاب همین‌طور که صحبت می‌کردند، گفتند: «آقا این بلندگو را تنظیم کنید.» بعد خودشان را به سمت چپ کشیدند و از پشت تریبون کمی عقب آمدند و به صحبت ادامه دادند: در زمان امیرالمؤمنین، زن در همه‌ جوامع بشری -نه فقط در میان عرب‌ها- مظلوم بود. نه می‌گذاشتند درس بخواند، نه می‌گذاشتند در اجتماع وارد بشود و در مسائل سیاسی تبحر پیدا بکند، نه ممکن بود در میدان‌های... انفجار!!!