اكبر گودرزی يك طلبه كم‌سواد بود كه مطالعات اسلامی او به مراتب كمتر از مطالعات جنبی بود. لذا وي دارای افكار التقاطی و متأثر از ماركسيست بود. مطالعات اسلامی او محدود به چندين كتاب تفسيری بود كه به جای پژوهش علمی و ريشه‌دار، در حال مطالعه به اين می‌انديشد كه چگونه آيات قرآن را به شيوه‌ای نو تفسير كند. اساساً فرقان در مطالعات خود به كتب روايی و احاديث شيعه كمتر مراجعه می‌كرده است. بعد از قرآن نيز به طور نسبی به نهج‌البلاغه و صحيفه سجاديه استناد می‌كردند.

يكی از تفاوت‌های آشكار فرقانيسم با ساير گروه‌های التقاطی، پذيرش جنبه‌های عبادی دين مبين اسلام بود. در اين وضعيت، فريفتن جوانان به نام دين و تدين و نمادهای دينی بسيار راحت‌تر انجام می‌گيرد. در حقيقت گروه فرقان و رهبر آن اكبر گودرزي با شناختی كه از ضعف‌های روشی سازمان مجاهدين خلق داشت، از مسجد و جلسه دينی و تفسير قرآن آغاز كرد. ملبس بودن به لباس و كسوت روحانيت نيز مزيد بر اين مزايا بود. در واقع آرا و انديشه‌های انحرافی و التقاطی فرقانی‌ها با پوشش تقدس و الزامات عملی به احكام و آموزه‌های عبادی رمز موفقيت آن‌ها در جذب برخی جوانان شد. به لحاظ انديشه، فرقانی‌ها در رديف گروه‌های روشنفكران دينی قرار می‌گرفتند كه به جای ليبرال‌مداری، دين‌مدار بودند.

دوره تدوین ایدئولوژی گروه فرقان، كلا در زمان رژیم پهلوی بوده است و پس از پیروزی انقلاب با انجام ترورهای ناجوانمردانه به اصطلاح خودشان دست به عمل زدند. از این نظر كه زمان تكوین گروه در زمان طاغوت بود، این گروه به عنوان یك گروه ضد رژیم شاه جلوه‌گر شد و در آن زمان بخشی از اطلاعیه‌ها و كتاب‌های تفسیر خود را منتشر ساخت. سرکرده گروه تروریستی فرقان این نشریات را ایدئولوژی مدون معرفی كرده و معتقد بود كه محتوای آنها را از دروسی كه در حوزه علمیه خوانده، نگرفته است، بلكه جلساتی را كه از سن ۱۶ سالگی اداره كرده و مباحثی كه با اعضاء جلسه خود داشته، ایدئولوژی این گروه را تشكیل داده‌اند و آن را تا مرحله ثمردهی و اقدام مسلحانه هدایت كرده‌اند.

پروژه اسلام منهای روحانيت، شديداً در افكار انحرافی فرقانی‌ها تنيده شده بود. با شروع انقلاب اسلامی به رهبری امام خمينی و روحانيت مبارز و همچنين اقبال وسيع توده‌های مسلمان به زعامت روحانيت در انقلاب، موضوعی نبود كه فرقانی‌ها را متقاعد نمايد. گروه فرقان در چند محور عمده دست به فعاليت زد كه همگی آن درصدد تخريب و صدمه زدن به انقلاب اسلامی بود. 

فرقان معتقد بود كه انقلاب اسلامی مشابه نضهت تنباكو، مشروطیت و ملی شدن صنعت نفت است و اعتقاد داشت كه بعد از پیروزی انقلاب روحانیت بدون خواست مردم به شكل كودتا به قدرت رسیده و به علت نداشتن تجربه كافی در امور اجرایی، نداشتن تخصص‌های لازم در امور فنی، مدیریت و ارگان‌های كشوری از دخالت در این گونه امور خودداری خواهد كرد و قهراً قشری كه بر سر كار خواهد آمد، سازمان‌های سیاسی، ماركسیستی و احتمالا ناسیونالیستی خواهد بود. فرقان، كناره‌گیری روحانیت از مسئولیت‌ها را ضروری می‌دانست، اما در مورد جانشینی آن، نظر خاصی ارائه نمی‌كرد.